基于大菱鲆皮膚組織轉錄組的抗逆基因克
發(fā)布時間：2021-06-10 12:37
大菱鲆（Scophthalmus maximus）是原產于大西洋東北部、歐洲沿海的一種冷水性魚類。1992年由雷霽霖院士引進我國,目前已成為我國北方沿海重要的工廠化養(yǎng)殖魚類。然而北方沿海夏季氣溫、水溫都比較高,大菱鲆發(fā)病率、產卵量和死亡率較高,損害養(yǎng)殖效益,不利于大菱鲆工廠化養(yǎng)殖的進一步發(fā)展。本課題組從2007年開始對大菱鲆的耐溫性狀進行遺傳改良,選育生長性能優(yōu)良的耐高溫新品系,目前已取得了可喜的進展,選育后代耐溫性明顯提高。為加快育種進程,挖掘與高溫應答相關的功能基因,解析大菱鲆應答高溫脅迫的分子機制,本研究通過分析高溫脅迫條件下的皮膚組織轉錄組測序數(shù)據(jù),篩選出數(shù)個與高溫脅迫相關的抗逆基因,利用基因克隆、組織表達分析和原核表達等方法進行解析。以期在全基因組范圍內了解大菱鲆應答高溫脅迫的分子機制,為全面認識大菱鲆抗逆的分子機理奠定基礎,并為大菱鲆耐高溫遺傳育種新標記的開發(fā)提供新的理論基礎和研究方向。1.分析大菱鲆高溫皮膚轉錄組數(shù)據(jù)庫,對原始數(shù)據(jù)進行過濾,剔除了低質量數(shù)據(jù)后將clean reads進行混合拼接,得到217609條Unigene作為參考序列用于后續(xù)分析;采用Nr,Nt,Sw...
【文章來源】：上海海洋大學上海市
【文章頁數(shù)】：65 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
注釋結果venn圖
圖 2-2 GO 功能分類Figure 2-2 Catelogy of GO橫坐標為 GO 三個大類的下一層級的 GOterm，縱坐標為注釋到該 term 下(包括該 term的子 term)的基因個數(shù)。將 KOG 注釋成功的基因按 KOG 的 group 進行分類，共可分為 26 組，分類結果如圖 2-3。由圖中結果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信號轉導機制”、“一般功能預測”和“翻譯后修飾，蛋白質周轉，分子伴侶”；聚類最少的是“細胞機動性”、“未命名蛋白”和“細胞壁/膜/包膜生物發(fā)生”。
圖 2-2 GO 功能分類Figure 2-2 Catelogy of GO橫坐標為 GO 三個大類的下一層級的 GOterm，縱坐標為注釋到該 term 下(包括該 term的子 term)的基因個數(shù)。將 KOG 注釋成功的基因按 KOG 的 group 進行分類，共可分為 26 組，分類結果如圖 2-3。由圖中結果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信號轉導機制”、“一般功能預測”和“翻譯后修飾，蛋白質周轉，分子伴侶”；聚類最少的是“細胞機動性”、“未命名蛋白”和“細胞壁/膜/包膜生物發(fā)生”。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]牙鲆（Paralichthys olivaceus）Hsp90 mRNA在溫度刺激和鰻弧菌感染下的表達特征[J]. 生安志,鞠輝明,李貴陽,李杰,莫照蘭. 漁業(yè)科學進展. 2016(05)
[2]內質網蛋白27（ERp27）在小鼠卵母細胞的定位及在精卵融合中的作用[J]. 王錦鳳,肖露,王若琳,錢衛(wèi)平,周亮. 生殖醫(yī)學雜志. 2016(09)
[3]人類蛋白質二硫鍵異構酶家族研究進展[J]. 黃子芮,潘黎明,盛夢婷,李俊明. 現(xiàn)代醫(yī)藥衛(wèi)生. 2016(02)
[4]碳酸鹽堿度脅迫下瓦式雅羅魚血漿游離氨基酸水平的變化[J]. 常玉梅,何強,孫言春,梁利群,孫效文. 中國水產科學. 2016(01)
[5]蛋白質二硫鍵異構酶A3——疾病治療的新靶點[J]. 胡玥,陶麗媛,呂賓. 中國病理生理雜志. 2015(06)
[6]日本血吸蟲PDIA3的原核表達和多抗血清制備[J]. 劉群,段明明,苑純秀,李丹丹,葛程,馬麗貞,馮新港. 中國動物傳染病學報. 2015(01)
[7]循環(huán)水養(yǎng)殖條件下水溫對大菱鲆氨氮排泄、轉氨酶及免疫因子的影響[J]. 王曉晨,孫國祥,李勇,周邦維,趙寧寧,柳陽,于凱松. 漁業(yè)現(xiàn)代化. 2014(06)
[8]大鯢鐵蛋白重鏈FTH基因的克隆、鑒定及表達分析[J]. 楊輝,李鋒剛,藍青景,胡偉,劉小林,王立新. 水生生物學報. 2014(01)
[9]擬穴青蟹（Scylla paramamosain）蛋白二硫鍵異構酶基因的分子克隆與表達分析[J]. 曾祥蘭,劉元婧,曾慧,黃輝洋,葉海輝,王桂忠. 海洋與湖沼. 2013(06)
[10]松江鱸魚皮膚的顯微和亞顯微結構[J]. 蔣鑫,潘連德,馬召騰. 動物學雜志. 2012(04)
碩士論文
[1]二硫鍵異構酶ERp72在靜脈血栓形成中的作用及其機制的初步研究[D]. 陳鳳梧.蘇州大學 2016
[2]金定鴨FTH1基因的克隆及功能初步鑒定[D]. 童一宇.揚州大學 2014
[3]溫度對南方鲇幼魚皮膚呼吸代謝的影響[D]. 鮮雪梅.重慶師范大學 2011
[4]高溫逆境下大菱鲆體表生理生化特性研究[D]. 黃智慧.中國海洋大學 2010
[5]鹽度、pH和捕撈脅迫對施氏鱘（Acipenser schrenckii）生理生化影響的初步研究[D]. 童燕.華東師范大學 2007
[6]擁擠脅迫對鯉生長和生理指標的影響[D]. 于淼.華中農業(yè)大學 2005
本文編號：3222384
【文章來源】：上海海洋大學上海市
【文章頁數(shù)】：65 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
注釋結果venn圖
圖 2-2 GO 功能分類Figure 2-2 Catelogy of GO橫坐標為 GO 三個大類的下一層級的 GOterm，縱坐標為注釋到該 term 下(包括該 term的子 term)的基因個數(shù)。將 KOG 注釋成功的基因按 KOG 的 group 進行分類，共可分為 26 組，分類結果如圖 2-3。由圖中結果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信號轉導機制”、“一般功能預測”和“翻譯后修飾，蛋白質周轉，分子伴侶”；聚類最少的是“細胞機動性”、“未命名蛋白”和“細胞壁/膜/包膜生物發(fā)生”。
圖 2-2 GO 功能分類Figure 2-2 Catelogy of GO橫坐標為 GO 三個大類的下一層級的 GOterm，縱坐標為注釋到該 term 下(包括該 term的子 term)的基因個數(shù)。將 KOG 注釋成功的基因按 KOG 的 group 進行分類，共可分為 26 組，分類結果如圖 2-3。由圖中結果可以看出，基因聚集最多的功能依次是“信號轉導機制”、“一般功能預測”和“翻譯后修飾，蛋白質周轉，分子伴侶”；聚類最少的是“細胞機動性”、“未命名蛋白”和“細胞壁/膜/包膜生物發(fā)生”。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]牙鲆（Paralichthys olivaceus）Hsp90 mRNA在溫度刺激和鰻弧菌感染下的表達特征[J]. 生安志,鞠輝明,李貴陽,李杰,莫照蘭. 漁業(yè)科學進展. 2016(05)
[2]內質網蛋白27（ERp27）在小鼠卵母細胞的定位及在精卵融合中的作用[J]. 王錦鳳,肖露,王若琳,錢衛(wèi)平,周亮. 生殖醫(yī)學雜志. 2016(09)
[3]人類蛋白質二硫鍵異構酶家族研究進展[J]. 黃子芮,潘黎明,盛夢婷,李俊明. 現(xiàn)代醫(yī)藥衛(wèi)生. 2016(02)
[4]碳酸鹽堿度脅迫下瓦式雅羅魚血漿游離氨基酸水平的變化[J]. 常玉梅,何強,孫言春,梁利群,孫效文. 中國水產科學. 2016(01)
[5]蛋白質二硫鍵異構酶A3——疾病治療的新靶點[J]. 胡玥,陶麗媛,呂賓. 中國病理生理雜志. 2015(06)
[6]日本血吸蟲PDIA3的原核表達和多抗血清制備[J]. 劉群,段明明,苑純秀,李丹丹,葛程,馬麗貞,馮新港. 中國動物傳染病學報. 2015(01)
[7]循環(huán)水養(yǎng)殖條件下水溫對大菱鲆氨氮排泄、轉氨酶及免疫因子的影響[J]. 王曉晨,孫國祥,李勇,周邦維,趙寧寧,柳陽,于凱松. 漁業(yè)現(xiàn)代化. 2014(06)
[8]大鯢鐵蛋白重鏈FTH基因的克隆、鑒定及表達分析[J]. 楊輝,李鋒剛,藍青景,胡偉,劉小林,王立新. 水生生物學報. 2014(01)
[9]擬穴青蟹（Scylla paramamosain）蛋白二硫鍵異構酶基因的分子克隆與表達分析[J]. 曾祥蘭,劉元婧,曾慧,黃輝洋,葉海輝,王桂忠. 海洋與湖沼. 2013(06)
[10]松江鱸魚皮膚的顯微和亞顯微結構[J]. 蔣鑫,潘連德,馬召騰. 動物學雜志. 2012(04)
碩士論文
[1]二硫鍵異構酶ERp72在靜脈血栓形成中的作用及其機制的初步研究[D]. 陳鳳梧.蘇州大學 2016
[2]金定鴨FTH1基因的克隆及功能初步鑒定[D]. 童一宇.揚州大學 2014
[3]溫度對南方鲇幼魚皮膚呼吸代謝的影響[D]. 鮮雪梅.重慶師范大學 2011
[4]高溫逆境下大菱鲆體表生理生化特性研究[D]. 黃智慧.中國海洋大學 2010
[5]鹽度、pH和捕撈脅迫對施氏鱘（Acipenser schrenckii）生理生化影響的初步研究[D]. 童燕.華東師范大學 2007
[6]擁擠脅迫對鯉生長和生理指標的影響[D]. 于淼.華中農業(yè)大學 2005
本文編號：3222384
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