[目的]了解昭通市昭陽區(qū)2016年新報告HIV-1陽性人群基因型、亞型分布特征,為該地區(qū)后續(xù)HIV-1毒株傳播規(guī)律和流行趨勢的研究提供依據(jù);了解2016年昭陽區(qū)新報告HIV-1陽性人群（未經(jīng)抗病毒治療）原發(fā)耐藥毒株流行情況,探索各主要流行亞型與HIV-1耐藥發(fā)生和流行的關(guān)系,為首選治療方案的制定提供參考,為更好地開展抗病毒治療提供科學(xué)依據(jù)。[方法]本研究采用橫斷面調(diào)查方式對2016年云南省昭通市昭陽區(qū)境內(nèi)新報告的HIV-1陽性人群進行流行病學(xué)調(diào)查,并采集抗凝全血,分離血漿,使用RNA核酸提取試劑盒提取核酸并進行RT-PCR和Nested-PCR擴增HIV-1env和pol基因序列片段,擴增產(chǎn)物送至昆明擎科公司測序,測序結(jié)果使用SeqMan軟件進行序列拼接和處理;使用MEGA軟件進行系統(tǒng)進化樹構(gòu)建和使用SimPlot軟件對基因序列進行重組分析;將pol基因序列片段提交至美國斯坦福大學(xué)耐藥數(shù)據(jù)庫HIV Drug Resistance Database （http://hivdb.stanford.edu/）進行耐藥性分析,使用SPSS17.0軟件分析HIV-1陽性人群流行病學(xué)特征和分子流行... 

【文章來源】：昆明醫(yī)科大學(xué)云南省

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３?ｐｏｌ區(qū)巢式ＰＣＲ原理??

圖２?ｅｎｖ區(qū)巢式ＰＣＲ原理??（方格表示帶擴增的目的基因片段，下方數(shù)據(jù)表示參考序列ＨＸＢ２上的位置，紅色箭??頭表示第一輪擴增引物，綠色箭頭表示第二輪擴增引物，同時綠色箭頭表示測序引物。）??②ｐｏ丨區(qū)一步法ＲＴ－ＰＣＲ??原理及及參考序列ＨＸＢ２位置：通過從患者血漿標本中分離得到病毒ＲＮＡ，??然后通過ＲＴ－ＰＣＲ對基因序列中ｐｏｌ區(qū)約１１７９ｂｐ目的基因先進行逆轉(zhuǎn)錄再使用??ＴａＫａＲａ?Ｏｎｅ?Ｓｔｅｐ?ＲＴ－ＰＣＲ?（ＡＭＶ）試劑盒和一對靶序列的外側(cè)引物擴增從而提高??模板量，然后采用Ｐｒｅｍｉｘ?Ｅｘ?Ｔａｑ?Ｖｅｒｓｉｏｎ?２．０?ｐｌｕｓ?ｄｙｅ試劑和一對內(nèi)側(cè)引物擴增得??到特異產(chǎn)物，見圖３。根據(jù)文獻報道［５６］，使用相關(guān)研宄所用的引物、配置反應(yīng)體??系、設(shè)定反應(yīng)條件進行試驗。??ｒ??（?ｈｃＣＩＳ?：ｔＡ：?ｖ??Ｒ＞Ｂ?．??ｍ，ｉ?ｖ?’??：ｉｖ

??后從電泳槽內(nèi)取出，置于全自動凝膠成像系統(tǒng)下觀察條帶并拍照保存，見圖４。??＾＾＾．．；２?Ｊ?｝?＾?ｏ?ｆｌ??圖４?ＨＩＶ－１?ｅｎｖ，ｐｏｌ基因片段ＰＣＲ擴增產(chǎn)物結(jié)果??（Ｍ１０００，?Ｍ２０００?分別為?ｌＯＯＯｂｐ，２０００ｂｐＤＮＡ?Ｌａｄｄｅｒ?Ｍａｒｋｅｒ，?１?為陽性對照，２?為??陰性對照，３－２２為樣品）??（６）?ＰＣＲ擴增產(chǎn)物序列測定??挑�。校茫谊栃詷颖舅椭晾ッ鞔T擎公司完成ＰＣＲ產(chǎn)物純化及序列測定，ｅｎｖ??區(qū)擴增產(chǎn)物長度為５３９ｂｐ，雙向測序，測序引物為第二輪擴增引物，見表Ｋｐｏｌ??區(qū)擴增長度為１１７９ｂｐ，包含蛋白酶基因全長９９個氨基酸和逆轉(zhuǎn)錄酶區(qū)至少前??３００個氨基酸，正向測序，測序引物，見表１。???表１?ｅｎｖ區(qū)、ｐｏｌ區(qū)所用測序引物序列???引物名稱?引物序列?方向相對位置??ｅｎｖ－３３ＦＭ＊?５


本文編號：3211353