海洋真核浮游植物是海洋生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分,它為海洋食物網(wǎng)輸入物質(zhì)和能量。通常來講,光合作用是浮游植物把光能轉(zhuǎn)變?yōu)榛瘜W(xué)能的主要途徑,但是近年來發(fā)現(xiàn)另一類可利用光能的基因——視紫紅質(zhì)在海洋中廣泛分布,其可能是另外一條將光能轉(zhuǎn)化為化學(xué)能為食物網(wǎng)提供能量的重要途徑。視紫紅質(zhì)基因廣泛存在于海洋細(xì)菌中,最近在一些真核浮游生物中也發(fā)現(xiàn)了視紫紅質(zhì)。但是到目前為止,我們對真核生物的視紫紅質(zhì)的表達(dá)知之甚少。在本研究中,我們以南海中北部為研究區(qū)域,通過現(xiàn)場航次,采集原位海水,使用18S rDNA對南海中北部真核浮游植物的群落結(jié)構(gòu)開展研究,并結(jié)合引物擴(kuò)增克隆鑒定和宏轉(zhuǎn)錄組測序兩種方法來探究南海中北部表層和深層葉綠素最大值層（DCM層）中真核浮游植物（3-200 μm）視紫紅質(zhì)基因的分布特征。本研究發(fā)現(xiàn)真核視紫紅質(zhì)在南海中分布廣泛,并且其分布受到環(huán)境因素的影響,主要的研究成果如下:1.18S rDNA研究發(fā)現(xiàn)真核浮游生物群落主要主要由甲藻、硅藻、定鞭藻、隱藻、后生動(dòng)物、后鞭毛生物、不等鞭毛類、囊泡蟲類和有孔蟲組成,甲藻和后生動(dòng)物在大部分樣本中古主要部分,平均68.83%,后鞭毛生物在部分樣本中也占據(jù)重要的部... 

【文章來源】：廈門大學(xué)福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：碩士

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摘要
Abstract
第1章 引言
    1.1 真核浮游植物在海洋中的地位和作用
    1.2 關(guān)于視紫紅質(zhì)
    1.3 微型生物視紫紅質(zhì)生理作用的研究
    1.4 海洋視紫紅質(zhì)基因多樣性的研究進(jìn)展
    1.5 高通量測序技術(shù)在海洋微生物研究中的應(yīng)用
    1.6 研究目標(biāo)和內(nèi)容
第2章 實(shí)驗(yàn)材料與方法
    2.1 主要實(shí)驗(yàn)試劑和儀器
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)試劑
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.1.3 常用試劑的配制
    2.2 樣品的采集
        2.2.1 研究區(qū)域
        2.2.2 樣品明細(xì)
    2.3 視紫紅質(zhì)基因PCR引物的設(shè)計(jì)與篩選
        2.3.1 PCP引物的設(shè)計(jì)
        2.3.2 PCR引物的篩選
    2.4 RNA的提取與宏轉(zhuǎn)錄組測序
        2.4.1 RNA的提取
        2.4.2 宏轉(zhuǎn)錄組測序
        2.4.3 生物信息學(xué)分析
    2.5 視紫紅質(zhì)基因的擴(kuò)增與高通量測序
        2.5.1 cDNA的合成
        2.5.2 視紫紅質(zhì)基因的擴(kuò)增
        2.5.3 PCR產(chǎn)物的回收
        2.5.4 PCR產(chǎn)物的高通量測序和生物信息學(xué)分析
            2.5.4.1 PCR產(chǎn)物的高通量測序測序
            2.5.4.2 生物信息學(xué)分析
第3章 結(jié)果與討論
    3.1 結(jié)果
        3.1.1 研究站位的環(huán)境因子特征
        3.1.2 微生物群落的組成結(jié)構(gòu)分析
            3.1.2.1 基于葉綠素a的浮游植物組成結(jié)構(gòu)分析
            3.1.2.2 基于18S rDNA的浮游微生物(3-200 μm)組成結(jié)構(gòu)分析
        3.1.3 基于PCR引物擴(kuò)增的視紫紅質(zhì)基因多樣性分析
            3.1.3.1 測序數(shù)據(jù)和樣本數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
            3.1.3.2 視紫紅質(zhì)擴(kuò)增序列的注釋與結(jié)構(gòu)分析
            3.1.3.3 視紫紅質(zhì)基因多樣性分析
            3.1.3.4 樣本的比較分析
            3.1.3.5 視紫紅質(zhì)基因的進(jìn)化分析
            3.1.4.1 視紫紅質(zhì)基因的組成和種類
            3.1.4.2 視紫紅質(zhì)基因的表達(dá)分析
    3.2 討論
        3.2.1 南海的浮游植物的群落組成
        3.2.2 真核浮游植物視紫紅質(zhì)PCR引物的可用性
        3.2.3 視紫紅質(zhì)的功能結(jié)構(gòu)
        3.2.4 真核視紫紅質(zhì)基因的多樣性
第4章 結(jié)論與展望
    4.1 研究結(jié)論
    4.2 研究的創(chuàng)新性
    4.3 研究的不足的與展望
附錄
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號：3173765