浮絲藻中微囊藻毒素基因的檢測(cè)技術(shù)及在環(huán)境中變異研究
發(fā)布時(shí)間:2021-05-06 18:51
藍(lán)藻是一類古老、微小的光合自養(yǎng)的原核生物,被認(rèn)為是在最早進(jìn)入陸地的生物。在漫長(zhǎng)的進(jìn)化中,他們形成了極強(qiáng)的生態(tài)競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)和環(huán)境適應(yīng)性,遍布于各種土壤和水體中。藍(lán)藻產(chǎn)生的藻毒素嚴(yán)重威脅人類及其它動(dòng)物的健康,由此產(chǎn)生的土壤及水體健康問(wèn)題引發(fā)關(guān)注,成為重要環(huán)境問(wèn)題。其中微囊藻毒素(MCs)分布最廣,危害最大,存在90余種不同的結(jié)構(gòu)、且化學(xué)性質(zhì)穩(wěn)定難以去除。MCs是由非核糖體合成合成酶系統(tǒng)合成的環(huán)狀七肽,由9-10個(gè)基因組成的微囊藻毒素基因簇(mcy gene cluster)編碼合成。mcy基因常被報(bào)道含有大片段的變異導(dǎo)致MCs的合成受阻,導(dǎo)致有毒與無(wú)毒菌株在環(huán)境中存的現(xiàn)象,從而引出了mcy基因在環(huán)境中變異的概率等科學(xué)問(wèn)題。本研究針對(duì)上述科學(xué)問(wèn)題,以阿爾卑斯山脈5大天然湖泊中的浮絲藻為研究樣本,探索并建立了浮絲藻中mcy基因的未培養(yǎng)檢測(cè)方法,以期尋找mcy基因中存在的天然變異;通過(guò)對(duì)比變異與未變異浮絲藻個(gè)體的保守序列,探索各變異間的進(jìn)化關(guān)系;并研究mcy基因中,各個(gè)變異在不同水體空間上的分布及其在季節(jié)間的變化規(guī)律。通過(guò)本研究建立針對(duì)浮絲藻mcy基因定量檢測(cè)的研究技術(shù)體系。對(duì)環(huán)境中的MCs以及治理...
【文章來(lái)源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:132 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 藻毒素對(duì)土壤和水體的環(huán)境意義
1.1.1 藍(lán)藻毒素介紹
1.1.2 藻毒素土壤中的危害
1.1.3 水體中的危害
1.2 微囊藻毒素的研究
1.2.1 MC的結(jié)構(gòu)
1.2.2 MC的毒性
1.2.3 MC的遷移和轉(zhuǎn)化
1.3 微囊藻毒素基因的研究
1.3.1 mcy的基因組成及其功能
1.3.2 不同藍(lán)藻mcy基因的對(duì)比
1.3.3 微囊藻毒素基因(mcy)的變異
第二章 研究?jī)?nèi)容與方法
2.1 選題依據(jù)
2.1.1 土壤藻類廣泛分布
2.1.2 藻類毒素的環(huán)境危害
2.1.3 微囊藻毒素基因簇(mcy)研究的必要性
2.1.4 浮絲藻的選擇
2.1.5 未培養(yǎng)的研究方法
2.2 研究目的和意義
2.2.1 研究目的
2.2.2 研究意義
2.3 研究?jī)?nèi)容
2.3.1 單個(gè)浮絲藻的微量DNA提取及保存技術(shù)
2.3.2 微囊藻毒素基因的引物體系設(shè)計(jì)
2.3.3 浮絲藻中微囊藻毒素基因簇內(nèi)的變異
2.3.4 轉(zhuǎn)座子ISPlr1在mcy基因內(nèi)的變化研究
2.3.5 各變異在地理上和時(shí)間上的變化及其相互關(guān)系
2.4 主要的研究方法與技術(shù)
2.4.1 單個(gè)浮絲藻的采樣及分離技術(shù)
2.4.2 超聲波提取浮絲藻DNA
2.4.3 安捷倫2100生物芯片分析技術(shù)
2.4.4 Phire熱啟動(dòng)植物聚合酶的直接PCR技術(shù)
2.5 技術(shù)路線
第三章 單個(gè)浮絲藻的DNA提取及保存
3.1 材料和方法
3.1.1 供試樣品
3.1.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
3.1.3 DNA提取
3.1.4 DNA擴(kuò)增
3.1.5 數(shù)據(jù)分析
3.1.6 試劑
3.2 試驗(yàn)結(jié)果
3.2.1 單個(gè)浮絲藻DNA質(zhì)量分析
3.2.2 超聲波制備浮絲藻DNA參數(shù)優(yōu)化
3.2.3 DNA保存技術(shù)
3.3 討論
3.4 本章小結(jié)
第四章 極限條件下微囊藻毒素基因簇引物體系的建立
4.1 材料方法
4.1.1 供試DNA樣品
4.1.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
4.1.3 DNA擴(kuò)增
4.1.4 試劑
4.2 結(jié)果分析
4.2.1 引物設(shè)計(jì)限制條件
4.2.2 mcy基因簇的引物體系設(shè)計(jì)
4.2.3 引物體系的檢測(cè)
4.3 討論
4.3.1 浮絲藻DNA的利用
4.3.2 微囊藻毒素的全序列引物
4.4 本章小結(jié)
第五章 微囊藻毒素基因簇內(nèi)的變異
5.1 材料和方法
5.1.1 樣品的采集
5.1.2 浮絲藻的分離
5.1.3 DNA的提取
5.1.4 保守序列分析
5.1.5 DNA擴(kuò)增
5.2 結(jié)果分析
5.2.1 微囊藻毒素基因內(nèi)簇內(nèi)發(fā)現(xiàn)的變異
5.2.2 微囊藻毒素基因簇內(nèi)的重復(fù)序列
5.2.3 mcy基因變異在亞種群中的變化
5.2.4 微囊藻毒素基因變異間的進(jìn)化
5.3 討論
5.3.1 mcy基因中變異的發(fā)現(xiàn)
5.3.2 特殊重復(fù)序列的意義
5.3.3 mcy基因變異間的互相關(guān)系
5.3.4 mcy基因變異的系統(tǒng)發(fā)育年齡
5.4 本章小結(jié)
第六章 轉(zhuǎn)座子ISPlr1在mcy基因內(nèi)的變化研究
6.1 材料和方法
6.1.1 DNA樣品
6.1.2 引物設(shè)計(jì)
6.1.3 DNA擴(kuò)增
6.2 結(jié)果分析
6.2.1 轉(zhuǎn)座子ISPlr1的插入位點(diǎn)
6.2.2 轉(zhuǎn)座子ISPlr1插入的正向重復(fù)序列
6.2.3 轉(zhuǎn)座子ISPlr1的方向
6.3 討論
6.3.1 轉(zhuǎn)座子的靈活性
6.3.2 轉(zhuǎn)座子與RR序列
6.4 本章小結(jié)
第七章 微囊藻毒素基因變異在時(shí)間和空間上的分布
7.1 材料和方法
7.1.1 采樣
7.1.2 DNA提取
7.1.3 DNA擴(kuò)增
7.2 結(jié)果與分析
7.2.1 浮絲藻長(zhǎng)度與DNA擴(kuò)增結(jié)果間關(guān)系
7.2.2 地理分布對(duì)浮絲藻微囊藻毒素基因的影響
7.2.3 季節(jié)變化對(duì)浮絲藻微囊藻毒素基因的影響
7.3 討論
7.3.1 浮絲藻長(zhǎng)度與DNA擴(kuò)增結(jié)果間關(guān)系
7.3.2 mcy基因變異的時(shí)空變化
7.4 本章小結(jié)
第八章 硫酸鹽對(duì)厭氧水稻土中光合與鐵循環(huán)過(guò)程的影響
8.1 材料與方法
8.1.1 供試土壤
8.1.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)和培養(yǎng)方法
8.1.3 采樣及檢測(cè)方法
8.1.4 數(shù)據(jù)分析
8.2 研究結(jié)果
8.2.1 暗光條件下Fe(II)含量變化
8.2.2 Chl a濃度變化
8.2.3 光照條件下Fe(II)的變化
8.2.4 pH變化
8.3 討論
8.3.1 鐵還原過(guò)程
8.3.2 光合過(guò)程
8.3.3 鐵氧化過(guò)程
8.3.4 pH變化
8.4 小結(jié)
第九章 中國(guó)典型水稻土中硫酸鹽變化對(duì)土壤藻的影響
9.1 材料方法
9.1.1 樣品采集
9.1.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
9.1.3 實(shí)驗(yàn)分析與測(cè)定
9.1.4 數(shù)據(jù)分析
9.2 結(jié)果分析
9.2.1 不同濃度硫酸鹽淹水培養(yǎng)后對(duì)Chl a含量變化的影響
9.2.2 不同濃度硫酸鹽淹水培養(yǎng)后對(duì)DOC含量變化的影響
9.2.3 硫酸鹽淹水培養(yǎng)水稻土后藻類種群的變化
9.2.4 硫酸鹽淹水培養(yǎng)水稻土后SUVA254的變化
9.2.5 硫酸鹽淹水培養(yǎng)水稻土后熒光指數(shù)的變化
9.2.6 三維熒光及平行因子分析
9.3 討論
9.3.1 硫酸鹽對(duì)藻類群落的影響
9.3.2 硫酸鹽對(duì)DOC的影響
9.3.3 硫酸鹽對(duì)DOM的影響
9.4 本章小結(jié)
第十章 結(jié)論與展望
10.1 本文的主要結(jié)論
10.2 論文創(chuàng)新點(diǎn)
10.3 有待進(jìn)一步研究的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
縮略詞
致謝
作者簡(jiǎn)介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]非生物因子對(duì)銅綠微囊藻生理代謝影響的研究進(jìn)展[J]. 徐莉娜,李旭東,王鑫,薛林貴. 廣州化工. 2014(13)
[2]阿氏浮絲藻mcyT基因序列多樣性研究[J]. 潘倩倩,朱夢(mèng)靈,劉洋,林燊,李仁輝. 水生生物學(xué)報(bào). 2014(01)
[3]湖泊藍(lán)藻水華發(fā)生機(jī)理研究進(jìn)展[J]. 馬健榮,鄧建明,秦伯強(qiáng),龍勝興. 生態(tài)學(xué)報(bào). 2013(10)
[4]基于16S rRNA基因序列分析受砷和硫酸鹽污染的土壤細(xì)菌多樣性(英文)[J]. 蔣德明,孫玉華,李丹,郭大雷,吳自榮. 微生物學(xué)通報(bào). 2011(10)
[5]控制光照條件下添加SO42-對(duì)水稻土中Fe(Ⅲ)還原的影響[J]. 易維潔,孫麗蓉,曲東. 農(nóng)業(yè)環(huán)境科學(xué)學(xué)報(bào). 2011(08)
[6]Cyanobacteria-/cyanotoxin-contaminations and eutrophication status before Wuxi Drinking Water Crisis in Lake Taihu, China[J]. Yongmei Liu 1,2 , Wei Chen 2 , Dunhai Li 2 , Zebo Huang 1 , Yinwu Shen 2 , Yongding Liu 2, 1. College of Pharmacy, Wuhan University, Wuhan 430071, China. 2. Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Journal of Environmental Sciences. 2011(04)
[7]藍(lán)藻水華的成因及其生態(tài)控制進(jìn)展[J]. 胡傳林,萬(wàn)成炎,吳生桂,丁慶秋,潘磊. 長(zhǎng)江流域資源與環(huán)境. 2010(12)
[8]水華藍(lán)藻復(fù)蘇的研究進(jìn)展與水華預(yù)測(cè)[J]. 孔繁翔,曹煥生,譚嘯. 環(huán)境監(jiān)控與預(yù)警. 2010(01)
[9]Effect of microbial mediated iron plaque reduction on arsenic mobility in paddy soil[J]. WANG Xinjun1,2, CHEN Xueping1, YANG Jing1, WANG Zhaosu1, SUN Guoxin1,1. State Key Laboratory of Urban and Regional Ecology, Research Center for Eco-Environmental Sciences, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100085, China. 2. Research Center for Environmental Protection and Transportation Safety, China Academy of Transportation Sciences, Beijing 100029, China. Journal of Environmental Sciences. 2009(11)
[10]Dissimilatory Fe(Ⅲ) reduction characteristics of paddy soil extract cultures treated with glucose or fatty acids[J]. HE Jiangzhou1,2, QU Dong1, 1. College of Resources and Environment, Northwest A & F University, Yangling, Shaanxi 712100, China.2. Xinjiang Production & Construction Corps Key Laboratory of Protection and Utilization of Biological Resources in Tarim Basin, Tarim University, Alar, Xinjiang Uygur Autonomous Region, Xinjiang 843300, China. Journal of Environmental Sciences. 2008(09)
博士論文
[1]微囊藻毒素對(duì)微生物的生理生態(tài)學(xué)效應(yīng)[D]. 楊翠云.中國(guó)科學(xué)院研究生院(水生生物研究所) 2007
本文編號(hào):3172443
【文章來(lái)源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:132 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 藻毒素對(duì)土壤和水體的環(huán)境意義
1.1.1 藍(lán)藻毒素介紹
1.1.2 藻毒素土壤中的危害
1.1.3 水體中的危害
1.2 微囊藻毒素的研究
1.2.1 MC的結(jié)構(gòu)
1.2.2 MC的毒性
1.2.3 MC的遷移和轉(zhuǎn)化
1.3 微囊藻毒素基因的研究
1.3.1 mcy的基因組成及其功能
1.3.2 不同藍(lán)藻mcy基因的對(duì)比
1.3.3 微囊藻毒素基因(mcy)的變異
第二章 研究?jī)?nèi)容與方法
2.1 選題依據(jù)
2.1.1 土壤藻類廣泛分布
2.1.2 藻類毒素的環(huán)境危害
2.1.3 微囊藻毒素基因簇(mcy)研究的必要性
2.1.4 浮絲藻的選擇
2.1.5 未培養(yǎng)的研究方法
2.2 研究目的和意義
2.2.1 研究目的
2.2.2 研究意義
2.3 研究?jī)?nèi)容
2.3.1 單個(gè)浮絲藻的微量DNA提取及保存技術(shù)
2.3.2 微囊藻毒素基因的引物體系設(shè)計(jì)
2.3.3 浮絲藻中微囊藻毒素基因簇內(nèi)的變異
2.3.4 轉(zhuǎn)座子ISPlr1在mcy基因內(nèi)的變化研究
2.3.5 各變異在地理上和時(shí)間上的變化及其相互關(guān)系
2.4 主要的研究方法與技術(shù)
2.4.1 單個(gè)浮絲藻的采樣及分離技術(shù)
2.4.2 超聲波提取浮絲藻DNA
2.4.3 安捷倫2100生物芯片分析技術(shù)
2.4.4 Phire熱啟動(dòng)植物聚合酶的直接PCR技術(shù)
2.5 技術(shù)路線
第三章 單個(gè)浮絲藻的DNA提取及保存
3.1 材料和方法
3.1.1 供試樣品
3.1.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)
3.1.3 DNA提取
3.1.4 DNA擴(kuò)增
3.1.5 數(shù)據(jù)分析
3.1.6 試劑
3.2 試驗(yàn)結(jié)果
3.2.1 單個(gè)浮絲藻DNA質(zhì)量分析
3.2.2 超聲波制備浮絲藻DNA參數(shù)優(yōu)化
3.2.3 DNA保存技術(shù)
3.3 討論
3.4 本章小結(jié)
第四章 極限條件下微囊藻毒素基因簇引物體系的建立
4.1 材料方法
4.1.1 供試DNA樣品
4.1.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
4.1.3 DNA擴(kuò)增
4.1.4 試劑
4.2 結(jié)果分析
4.2.1 引物設(shè)計(jì)限制條件
4.2.2 mcy基因簇的引物體系設(shè)計(jì)
4.2.3 引物體系的檢測(cè)
4.3 討論
4.3.1 浮絲藻DNA的利用
4.3.2 微囊藻毒素的全序列引物
4.4 本章小結(jié)
第五章 微囊藻毒素基因簇內(nèi)的變異
5.1 材料和方法
5.1.1 樣品的采集
5.1.2 浮絲藻的分離
5.1.3 DNA的提取
5.1.4 保守序列分析
5.1.5 DNA擴(kuò)增
5.2 結(jié)果分析
5.2.1 微囊藻毒素基因內(nèi)簇內(nèi)發(fā)現(xiàn)的變異
5.2.2 微囊藻毒素基因簇內(nèi)的重復(fù)序列
5.2.3 mcy基因變異在亞種群中的變化
5.2.4 微囊藻毒素基因變異間的進(jìn)化
5.3 討論
5.3.1 mcy基因中變異的發(fā)現(xiàn)
5.3.2 特殊重復(fù)序列的意義
5.3.3 mcy基因變異間的互相關(guān)系
5.3.4 mcy基因變異的系統(tǒng)發(fā)育年齡
5.4 本章小結(jié)
第六章 轉(zhuǎn)座子ISPlr1在mcy基因內(nèi)的變化研究
6.1 材料和方法
6.1.1 DNA樣品
6.1.2 引物設(shè)計(jì)
6.1.3 DNA擴(kuò)增
6.2 結(jié)果分析
6.2.1 轉(zhuǎn)座子ISPlr1的插入位點(diǎn)
6.2.2 轉(zhuǎn)座子ISPlr1插入的正向重復(fù)序列
6.2.3 轉(zhuǎn)座子ISPlr1的方向
6.3 討論
6.3.1 轉(zhuǎn)座子的靈活性
6.3.2 轉(zhuǎn)座子與RR序列
6.4 本章小結(jié)
第七章 微囊藻毒素基因變異在時(shí)間和空間上的分布
7.1 材料和方法
7.1.1 采樣
7.1.2 DNA提取
7.1.3 DNA擴(kuò)增
7.2 結(jié)果與分析
7.2.1 浮絲藻長(zhǎng)度與DNA擴(kuò)增結(jié)果間關(guān)系
7.2.2 地理分布對(duì)浮絲藻微囊藻毒素基因的影響
7.2.3 季節(jié)變化對(duì)浮絲藻微囊藻毒素基因的影響
7.3 討論
7.3.1 浮絲藻長(zhǎng)度與DNA擴(kuò)增結(jié)果間關(guān)系
7.3.2 mcy基因變異的時(shí)空變化
7.4 本章小結(jié)
第八章 硫酸鹽對(duì)厭氧水稻土中光合與鐵循環(huán)過(guò)程的影響
8.1 材料與方法
8.1.1 供試土壤
8.1.2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)和培養(yǎng)方法
8.1.3 采樣及檢測(cè)方法
8.1.4 數(shù)據(jù)分析
8.2 研究結(jié)果
8.2.1 暗光條件下Fe(II)含量變化
8.2.2 Chl a濃度變化
8.2.3 光照條件下Fe(II)的變化
8.2.4 pH變化
8.3 討論
8.3.1 鐵還原過(guò)程
8.3.2 光合過(guò)程
8.3.3 鐵氧化過(guò)程
8.3.4 pH變化
8.4 小結(jié)
第九章 中國(guó)典型水稻土中硫酸鹽變化對(duì)土壤藻的影響
9.1 材料方法
9.1.1 樣品采集
9.1.2 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
9.1.3 實(shí)驗(yàn)分析與測(cè)定
9.1.4 數(shù)據(jù)分析
9.2 結(jié)果分析
9.2.1 不同濃度硫酸鹽淹水培養(yǎng)后對(duì)Chl a含量變化的影響
9.2.2 不同濃度硫酸鹽淹水培養(yǎng)后對(duì)DOC含量變化的影響
9.2.3 硫酸鹽淹水培養(yǎng)水稻土后藻類種群的變化
9.2.4 硫酸鹽淹水培養(yǎng)水稻土后SUVA254的變化
9.2.5 硫酸鹽淹水培養(yǎng)水稻土后熒光指數(shù)的變化
9.2.6 三維熒光及平行因子分析
9.3 討論
9.3.1 硫酸鹽對(duì)藻類群落的影響
9.3.2 硫酸鹽對(duì)DOC的影響
9.3.3 硫酸鹽對(duì)DOM的影響
9.4 本章小結(jié)
第十章 結(jié)論與展望
10.1 本文的主要結(jié)論
10.2 論文創(chuàng)新點(diǎn)
10.3 有待進(jìn)一步研究的問(wèn)題
參考文獻(xiàn)
縮略詞
致謝
作者簡(jiǎn)介
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]非生物因子對(duì)銅綠微囊藻生理代謝影響的研究進(jìn)展[J]. 徐莉娜,李旭東,王鑫,薛林貴. 廣州化工. 2014(13)
[2]阿氏浮絲藻mcyT基因序列多樣性研究[J]. 潘倩倩,朱夢(mèng)靈,劉洋,林燊,李仁輝. 水生生物學(xué)報(bào). 2014(01)
[3]湖泊藍(lán)藻水華發(fā)生機(jī)理研究進(jìn)展[J]. 馬健榮,鄧建明,秦伯強(qiáng),龍勝興. 生態(tài)學(xué)報(bào). 2013(10)
[4]基于16S rRNA基因序列分析受砷和硫酸鹽污染的土壤細(xì)菌多樣性(英文)[J]. 蔣德明,孫玉華,李丹,郭大雷,吳自榮. 微生物學(xué)通報(bào). 2011(10)
[5]控制光照條件下添加SO42-對(duì)水稻土中Fe(Ⅲ)還原的影響[J]. 易維潔,孫麗蓉,曲東. 農(nóng)業(yè)環(huán)境科學(xué)學(xué)報(bào). 2011(08)
[6]Cyanobacteria-/cyanotoxin-contaminations and eutrophication status before Wuxi Drinking Water Crisis in Lake Taihu, China[J]. Yongmei Liu 1,2 , Wei Chen 2 , Dunhai Li 2 , Zebo Huang 1 , Yinwu Shen 2 , Yongding Liu 2, 1. College of Pharmacy, Wuhan University, Wuhan 430071, China. 2. Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Journal of Environmental Sciences. 2011(04)
[7]藍(lán)藻水華的成因及其生態(tài)控制進(jìn)展[J]. 胡傳林,萬(wàn)成炎,吳生桂,丁慶秋,潘磊. 長(zhǎng)江流域資源與環(huán)境. 2010(12)
[8]水華藍(lán)藻復(fù)蘇的研究進(jìn)展與水華預(yù)測(cè)[J]. 孔繁翔,曹煥生,譚嘯. 環(huán)境監(jiān)控與預(yù)警. 2010(01)
[9]Effect of microbial mediated iron plaque reduction on arsenic mobility in paddy soil[J]. WANG Xinjun1,2, CHEN Xueping1, YANG Jing1, WANG Zhaosu1, SUN Guoxin1,1. State Key Laboratory of Urban and Regional Ecology, Research Center for Eco-Environmental Sciences, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100085, China. 2. Research Center for Environmental Protection and Transportation Safety, China Academy of Transportation Sciences, Beijing 100029, China. Journal of Environmental Sciences. 2009(11)
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博士論文
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本文編號(hào):3172443
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