研究背景和目的:基因表達譜芯片技術(shù)產(chǎn)生了大量的基因芯片及海量的生物學信息,利用眾多實驗室的基因芯片數(shù)據(jù)并理解其中蘊含的生物學含義是生物學工作者的挑戰(zhàn)及目標。肝癌的發(fā)病率在我國位于腫瘤中的第4位,在全世界排名第7,并多與乙肝病毒感染有關(guān)。肝癌的發(fā)生發(fā)展是一個多因素、多步驟、多基因的過程。對于肝癌發(fā)病分子機制的研究傳統(tǒng)的方法以單基因為主,研究結(jié)果有一定局限性。而基因芯片研究能高通量表現(xiàn)基因的變化,對肝癌發(fā)病的分子機制研究有較大的優(yōu)勢。本研究擬對GEO數(shù)據(jù)庫中的肝癌基因芯片作生物信息學數(shù)據(jù)分析,篩選出差異表達基因,然后對篩選出的差異表達基因進行生物學功能分析,進而對肝癌發(fā)病的分子機制予以探討,并進行相應(yīng)的初步功能試驗驗證。研究方法:1、從GEO數(shù)據(jù)庫下載基因芯片數(shù)據(jù)GSE19665、GSE41804,使用GEO網(wǎng)站的GEO2R分析工具對基因芯片數(shù)據(jù)進行分析,篩選差異表達基因;利用Cytoscape軟件處理STRING獲得的PPI網(wǎng)絡(luò)圖,MCODE插件處理后獲得顯著基因模塊,共有25個顯著差異基因,利用UALCAN和GEPIA網(wǎng)站進一步驗證這25個基因在肝癌患者和正常人群的表達差異性,最終得到... 

【文章來源】：南方醫(yī)科大學廣東省

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３－７?２５個顯著差異基因中４個基因的ＵＡＬＣＡＮ網(wǎng)站預(yù)后查詢結(jié)果（ＡＮＬＮ、??ＡＳＰＭ、ＣＣＮＢ１、ＣＣＮＢ２），其中藍線代表該基因?

?－?１?為??：：?？?：?？?－?＇＞：??宰?，?Ｖ?ｒｌｎ?．??－Ｉ?＇?－■?ｉ?－?ｓ．．．??＿?ｔ］．．．?令：？？：??＝旱ｎｉ?‘??Ｉ?ｙ?ｇｊｐ???Ｗ??〇?－?－?■■???〇?」?〇?－?—?■?－??Ｉ?＇?｜??ＬＩＨＣ?ＬＩＨＣ?ＬＩＨＣ??（ｎｕｍ（Ｔ）？３６９．?ｎｕｍ（Ｎ）＝１６０）?（ｎｕｍ（Ｔ）＝３６９．?ｎｕｍ（Ｎ）＝１６０）?（ｎｕｍ（Ｔ）＊３６９．?ｎｕｍ（Ｎ）＝１６０）??圖３－８?２５個顯著差異基因中有２０個基因的表達水平在癌癥患者中顯著高于正??常人，圖中選取了?６個基因的ＧＥＰＩＡ查詢結(jié)果（ＫＩＦ２０Ａ、ＭＥＬＫ、ＮＥＫ２０、??ＮＵＦ２、ＰＢＫ、ＰＴＴＧ１），圖上一顆星即代表Ｐ值＜０．０５。??Ｆｉｇｕｒｅ?３－８?Ｔｈｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?２４?ｇｅｎｅｓ?ｉｎ?２８?ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ?ｇｅｎｅｓ?ｗａｓ??ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ?ｈｉｇｈｅｒ?ｉｎ?ｃａｎｃｅｒ?ｐａｔｉｅｎｔｓ?ｔｈａｎ?ｉｎ?ｎｏｒｍａｌ?ｐｅｏｐｌｅ．?Ｇｅｐｉａ?ｑｕｅｒｙ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ??６?ｇｅｎｅｓ?ｗｅｒｅ?ｓｅｌｅｃｔｅｄ?ｉｎ?ｔｈｅ?ｆｉｇｕｒｅ?（ＫＩＦ２０Ａ、ＭＥＬＫ、ＮＥＫ２０、ＮＵＦ２、ＰＢＫ、??ＰＴＴＧ１?）?．?Ｏｎｅ?ｓｔａｒ?ｉｎ?ｔｈｅ?ｆｉｇｕｒｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｐ?ｖａｌｕｅ?＜?０．０５．??３０??

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本文編號：3094845