硫磺礦硫化葉菌P2是一種極端嗜熱古菌,其基因組測序于2001年完成,是最早完成測序的古菌,因此注釋相比于其余古菌較為完全。但其仍有大量蛋白質(zhì)被注釋為預測蛋白,且蛋白質(zhì)組中蛋白的數(shù)量也少于基因組的開放閱讀框數(shù)量。此外,由于古菌有一些獨特的起始密碼子,在從基因組翻譯成蛋白質(zhì)組時可能與實際有一定的誤差,需要進行檢驗和校正。蛋白質(zhì)基因組學是利用蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù),結合已知的基因組數(shù)據(jù)和轉錄組數(shù)據(jù)進行基因組注釋的方法,已經(jīng)在許多其他物種中得到了成功的運用。為了進一步完善硫磺礦硫化葉菌P2的基因注釋,本研究將對硫磺礦硫化葉菌P2的蛋白質(zhì)組進行鑒定,并利用蛋白質(zhì)基因組學的分析來挖掘和驗證新的基因。極端嗜熱古菌蛋白質(zhì)組鑒定的覆蓋度普遍偏低。為了提高鑒定效率,我們優(yōu)化了硫磺礦硫化葉菌P2蛋白質(zhì)的分析方法:1)加入1%的DDM增溶劑提高蛋白質(zhì)的溶解度;2)使用對數(shù)生長前期、中期和后期的菌分別進行膜蛋白和可溶性蛋白的提取;3)使用多種搜索軟件檢索以提高蛋白質(zhì)的鑒定率。最終,我們共鑒定到2123個蛋白質(zhì),包括可溶性蛋白1613個,膜蛋白153個,占已知蛋白質(zhì)組的72.2%,是目前單次研究中得到覆蓋度最高的硫磺礦硫... 

【文章來源】：華中師范大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．２蛋白質(zhì)基因組學注釋流程［２８］??（ａ）樣品制備與質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集、數(shù)據(jù)庫構建與鑒定；（ｂ）基因組注釋與重注??釋

恥學位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＥＳＩＳ??３．實驗結果與討論??３．１蛋白質(zhì)基因組實驗流程??利用蛋白質(zhì)基因組學挖掘硫橫礦硫化葉菌Ｐ２的實驗流程如圖３．１所不。??Ｅｘｐｒｅｒｉｍｅｎｔａｌ?Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ?Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ?Ａｎａｌｙｓｉｓ??ｆ￣＼?ｐｉ?，？一?????／１?＼?／２?＼?／－Ａ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｇｅｎｏｍｅ??白曰總??Ｌ?一，??令??ｊｌ?Ｃｅｌｌ?ｌｙｓｉＫ???－�。蓿�??令?（丨?ｄｃｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ?；??Ｔ￣Ｔ?］￣７?＼ｐｆ?ｎｏｖｅｌ?ｇｃｎ？??ｙ?ｕ?——．［??Ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ?Ｓｕｐｃｍａｉａｎｔ?Ｖａｌｉｄａｔｅ?ｇｃｍｉｍｅ?ｓｅａｒｃｈ??ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｐｅｐｔｉｄｅｓ??｜?Ｋ．（？?Ｍ?ｕｒｅａ?ｉ?Ｉｔｌｉｒａｃｉ＇ｎｌｎｉｕｇｅ?告??ｌ３＿＞ｇ?Ｔ?Ｐｅｐｔｉｄｅｓ?ｍａｐｐｅｄ?ｔｏ??０?ａｎｎｏｔａｔｅｄ?ｐｒｏｔｅｉｎｓ??．ｕ?ｕ??ＰＰ?ＭＰ?ＳＰ??Ｄｉｓｌｃｎｃｔ?ｐｅｐｔｉｄｅｓ?ｆｒｏｍ?ｓｐｅｃｔｒａ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ａｔ?１％?ＦＤＲ??善?ｔ?會??Ｔｒ＼ｐｓｉｎ?ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ??Ｓｅａｒｃｈ＾?Ｓｅａｒｃｈ?ａｇａｎｉｓ！??Ｓ．ｘ－ｆｒａｍｅ．ｎ．ｎｓｌａｕｏｎｏｆ?ｐｍｔｅｌｎｓ?ｄａａｂａｓｅ??、ｇｅｎｏｍｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ??導?＇?．．．ｔ?＇一’？?ｆ?＂??Ｏｒｂｉｔｒａｐ??ｉ?＿＿?Ｈｉｇｈ?ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ?ａｎｄ?ｈｉｇｈ?ａｃｃｕ

科學位論文??ＭＡＳＴＥＲ＇Ｓ?ＴＨＩｉＳＩＳ??Ａ?ｌｉ??Ｉ?ａｒｌｙ?Ｍｉｄｄｌｅ?ＳＰ?Ｍｌ’??８９?１５８?…??１１６?６８?１４８?？?１４２??１６４４?１０５８??６１?３５?６７?７６??７０?４０??１?ａｔｅ?ｐ｜＞??圖３．４不同生長時期（Ａ）不同蛋白質(zhì)組分（ＳＰ：可溶性蛋白ＭＰ：膜蛋白ＰＰ：??沉淀部分）（Ｂ）的蛋白質(zhì)鑒定數(shù)目??Ｆｉｇｕｒｅ?３．４?Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｔｈｅ?（Ａ）?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｇｒｏｗｔｈ?ｓｔａｇｅ?（ＳＰ：?Ｓｏｌｕｂｌｅ?Ｐｒｏｔｅｉｎ??ＭＰ：?Ｍｅｍｂｒａｎｅ?Ｐｒｏｔｅｉｎ?ＰＰ：?Ｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ?Ｐｒｏｔｅｉｎ）?（Ｂ）?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｉｏｎ?ｉｎ?ｐｒｏｔｅｉｎ??ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．??在不同的生長時期我們都鑒定到了特有的蛋白質(zhì)，有些蛋白質(zhì)雖然在多個生長??時期被鑒定到，但從鑒定到的ＰＳＭｓ數(shù)來看，其表達量存在差異，例如人們認為在??ＤＮＡ復制過程中起催化作用的引發(fā)酶的ＰｎＸ亞基（ＳＳ００５０２）在硫化葉菌對數(shù)生??長前期表達［５８］，從我們的數(shù)據(jù)來看，這個蛋白在對數(shù)生長前期和中期能被鑒定到，??但是在中期表達量明顯不如前期，后期完全沒有鑒定到。這說明我們將硫磺礦硫化??葉菌Ｐ２分不同生長時期分別提取蛋白有效，提高了蛋白質(zhì)組的鑒定率。??對不溶性部分特有的２５８個蛋白質(zhì)進行疏水性分析，發(fā)現(xiàn)這些蛋白與全蛋白相??比疏水性更強。其中有９８個蛋內(nèi)質(zhì)的疏水性大于０，被認為記疏水性蛋「丨質(zhì)，其中??有３８個蛋白的疏水性人于０．５，以被認為是膜蛋（丨１｜

【參考文獻】：
期刊論文
[1]細菌毒素-抗毒素系統(tǒng)的功能[J]. 何志利,王慧.  生物工程學報. 2018(08)
[2]蛋白質(zhì)基因組學:運用蛋白質(zhì)組技術注釋基因組[J]. 張昆,王樂珩,遲浩,卜德超,袁作飛,劉超,樊盛博,陳海豐,曾文鋒,羅海濤,孫瑞祥,賀思敏,謝鷺,趙屹.  生物化學與生物物理進展. 2013(04)

博士論文
[1]I-A型CRISPR-Cas系統(tǒng)轉錄調(diào)控機制的研究[D]. 劉濤.華中農(nóng)業(yè)大學 2018
[2]硫化葉菌阿拉伯糖啟動子轉錄調(diào)控及其應用[D]. 彭楠.華中農(nóng)業(yè)大學 2009



本文編號：3038181