目的通過(guò)甲狀腺乳頭狀癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）生物信息學(xué)分析,獲取與PTC預(yù)后顯著相關(guān)的基因,為PTC的發(fā)病機(jī)制提供理論依據(jù)。方法從NCBI的GEO Databases數(shù)據(jù)庫(kù)檢索PTC的芯片數(shù)據(jù)GSE3678、GSE33630和GSE82208,三組基因芯片共包含94例PTC及77例癌旁組織基因表達(dá)譜。使用GEO2R工具分析PTC與癌旁組織差異表達(dá)的基因;將共表達(dá)的基因?qū)肟梢暬瘮?shù)據(jù)庫(kù)（the database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID）進(jìn)行基因富集分析（gene ontology,GO）和信號(hào)通路分析（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）;使用STRING和Cytoscape進(jìn)行蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析（protein-protein interaction,PPI）;使用GEPIA分析核心基因的生存信息。隨后培養(yǎng)PTC細(xì)胞株,收集52例臨床組織樣本,分別驗(yàn)證FN1在PTC組織樣本和細(xì)胞中的表達(dá)情況。結(jié)... 

【文章來(lái)源】：右江醫(yī)學(xué). 2020,48(07)

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【部分圖文】：

三組基因表達(dá)芯片的Venn分析

基因芯片的火山圖分析,差異表達(dá)倍數(shù) |logFC| >2

共有52例臨床樣本納入研究,FN1在31例(59.61%)PTC組織中呈上調(diào)表達(dá),平均表達(dá)倍數(shù)變化為(3.75±5.90)倍。見(jiàn)圖6A、圖6C。與Nthy-ori 3-1細(xì)胞相比,BCPAP和TPC-1中FN1的表達(dá)水平分別提高了(4.75±1.12)倍、(11.89±3.53)倍(均P<0.01)。見(jiàn)圖6B。表明FN1在PTC組織和細(xì)胞中的表達(dá)增加,可能與PTC病情進(jìn)展相關(guān)。圖4 DEGs蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)互作分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]甲狀腺乳頭狀癌組織E-cadherin、vimentin的表達(dá)及臨床意義[J]. 唐振寧,李璐,張朝林,劉奇?zhèn)?  海南醫(yī)學(xué). 2020(04)
[2]單灶性甲狀腺乳頭狀癌中央?yún)^(qū)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移個(gè)數(shù)與頸側(cè)區(qū)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)性[J]. 李偉,孫建偉,安樹(shù)才,周偉,王智浩,劉克生.  泰山醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2020(02)
[3]影響甲狀腺乳頭狀癌頸側(cè)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的高危因素[J]. 曾懷震,鄭高平,唐玉玲.  河南外科學(xué)雜志. 2020(01)
[4]AGTR1基因多態(tài)性與多系統(tǒng)疾病相關(guān)性的研究[J]. 孟令梅,李娟,李小芳,吳春麗,彭博.  微量元素與健康研究. 2020(01)
[5]FN1在胃癌組織和細(xì)胞中的表達(dá)及意義[J]. 姚遠(yuǎn),李勝昔.  現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué). 2019(16)
[6]纖維連接蛋白1在胃癌中的表達(dá)及臨床意義[J]. 孫陽(yáng),趙春臨.  醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2019(06)
[7]射頻消融聯(lián)合肝動(dòng)脈化療栓塞術(shù)對(duì)原發(fā)性肝癌患者HIF-1α和EGR2水平的影響[J]. 譚永華,陳軍,王睿,王魁,陳二龍.  肝臟. 2018(08)
[8]中國(guó)甲狀腺癌術(shù)后隨訪和臨床研究現(xiàn)狀反思[J]. 程若川,劉文.  中國(guó)普通外科雜志. 2017(11)
[9]bFGF及FGFR-2在胃癌組織淋巴管生成中的意義[J]. 胡成乙,嵇晶晶,王曉菲,張曉輝,孫鷹,王立峰.  同濟(jì)大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2017(04)
[10]Twist 1 correlates with poor differentiation and progression in gastric adenocarcinoma via elevation of FGFR2 expression[J]. Dong-Yuan Zhu,Qi-Sen Guo,Yan-Liang Li,Bin Cui,Jun Guo,Ji-Xiao Liu,Peng Li.  World Journal of Gastroenterology. 2014(48)



本文編號(hào)：3033632