為獲得豬β防御素-119（PBD-119）基因mRNA序列以及在不同品種豬體內(nèi)組織表達(dá)量模式,該試驗(yàn)以民豬、大白豬和野雜豬為試驗(yàn)動(dòng)物,采用RT-PCR方法擴(kuò)增PBD-119基因mRNA并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,利用qRT-PCR的方法檢測(cè)該基因在不同品種豬組織中的差異表達(dá)情況。RT-PCR擴(kuò)增結(jié)果表明:在3個(gè)群體豬3種類型組織（肝臟,脾臟和血液）中均能擴(kuò)增出特異性片段,測(cè)序結(jié)果顯示片段長(zhǎng)度為408bp,通過(guò)對(duì)PBD-119基因序列的比對(duì)分析,該基因在第263位堿基上存在多肽位點(diǎn)的改變（C263T）,并在第53氨基酸位點(diǎn)發(fā)生改變,由脯氨酸變?yōu)榻z氨酸（P-S）,但并不影響二硫鍵結(jié)構(gòu);進(jìn)化樹(shù)分析表明,豬與人、倭黑猩猩和馬的親緣關(guān)系較近,與羊駝和雙峰駝?dòng)H緣關(guān)系較遠(yuǎn)。qRT-PCR結(jié)果顯示,PBD-119基因在3個(gè)品種豬的各組織中均有表達(dá),且表達(dá)存在差異,以品種為研究對(duì)象比較相同組織的差異表達(dá),PBD-119基因在肝臟中的表達(dá)為野雜豬>民豬>大白豬,在脾臟中表達(dá)為大白豬>民豬>野雜豬,而在血液中的表達(dá)為民豬>野雜豬>大白豬;以相同品種為目標(biāo),考察不同組織間PBD-... 

【文章來(lái)源】：延邊大學(xué)農(nóng)學(xué)學(xué)報(bào). 2020,42(02)

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【部分圖文】：

不同群體豬PBD?119基因RT-PCR擴(kuò)增電泳圖

由圖1可知，瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)發(fā)現(xiàn)片段小于500bp，與預(yù)期結(jié)果大小一致。進(jìn)一步通過(guò)膠回收、連接、轉(zhuǎn)化及菌落PCR鑒定及陽(yáng)性菌落測(cè)序。測(cè)序發(fā)現(xiàn)該目的條帶全長(zhǎng)408bp,Blast N比對(duì)發(fā)現(xiàn)，該片段與豬PBD-119基因預(yù)測(cè)mRNA序列完全一致（XM＿005654239.3），其中，包含完整CDS序列252bp，共編碼83個(gè)氨基酸（圖2),Cys殘基組成3個(gè)分子內(nèi)二硫鍵，其連接方式為Cys1-Cys5,Cys2-Cys4和Cys3-Cys6，表明該基因高度保守；同時(shí)通過(guò)PBD-119基因測(cè)序結(jié)果比對(duì)分析得出在第263位堿基上存在多肽位點(diǎn)的改變（C266T），并在第53位氨基酸上引起氨基酸的改變，由脯氨酸變?yōu)榻z氨酸（P-S），但其并不影響二硫鍵結(jié)構(gòu)。2.2 生物信息學(xué)分析

由表2中可知亮氨酸（Leu）和絲氨酸（Ser）含量最高（9.6%），不含蘇氨酸、吡咯賴氨酸和硒半胱氨酸；該蛋白分子式為C42 4H670N1 22O115S9，分子量為9.6ku，理論等電點(diǎn)（PI）為9.38，其在哺乳動(dòng)物網(wǎng)織紅細(xì)胞中的半衰期為30h，水溶液在280nm處的消光系數(shù)為15 845，穩(wěn)定系數(shù)為59.43，脂肪系數(shù)為76.39，推測(cè)該蛋白為不穩(wěn)定的堿性脂溶性蛋白；利用NetPhos 3.1對(duì)PBD-119蛋白進(jìn)行磷酸化分析發(fā)現(xiàn)（圖3），該蛋白存在8個(gè)磷酸化位點(diǎn)（分值>0.5），分別為絲氨酸（Serine)6個(gè)，酪氨酸（Tyrosine)2個(gè)。2.2.2 PBD-119蛋白跨膜結(jié)構(gòu)及信號(hào)肽預(yù)測(cè)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3027018