為了解甘藍型油菜受低溫脅迫時的共表達網(wǎng)絡,運用加權基因共表達網(wǎng)絡分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）方法,利用2個抗凍響應有差別的甘藍型油菜材料HX17和HX58不同低溫處理的36個RNA-seq數(shù)據(jù),通過過濾低表達基因,篩選表達水平變異最大的前15 000個基因用于WGCNA分析,共鑒定到16個基因共表達模塊。結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子預測、冷相關基因預測、模塊基因的gene ontology（GO）富集及表達分析,確定了brown模塊為響應凍害脅迫的共同模塊、pink模塊為HX17耐寒特異性模塊,并構(gòu)建了基因共表達網(wǎng)絡,為油菜抗寒/抗凍機制研究提供新的依據(jù)。 

【文章來源】：中國油料作物學報. 2020,42(04)北大核心

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

基因聚類及模塊劃分

模塊與性狀相關性熱圖

對核心基因的擬南芥同源基因注釋進行分析，brown模塊的核心基因主要為受冷調(diào)節(jié)的基因（BnaC08g42830D、BnaCnng06580D),NAC結(jié)構(gòu)域蛋白（BnaC07g29890D、BnaC08g21160D）、鋅指結(jié)構(gòu)蛋白（BnaC01g33270D、BnaC04g11770D）、響應早期脫水反應（BnaC03g48070D、BnaA07g03060D）、乙烯響應DNA結(jié)合因子（BnaC07g22870D）和含茉莉酸ZIM結(jié)構(gòu)域蛋白（BnaC02g45660D）等基因（圖5C);pink模塊核心基因主要是核糖體蛋白（BnaA02g00470D、BnaA07g25010D、BnaA09g44520D、BnaC02g05260D、BnaAnng17430D、BnaCnng24330D）、伴侶素（Bn-aA04g25810D、BnaC02g13210D、BnaC04g05030D)和1個基本轉(zhuǎn)錄因子（BnaA09g44800D）等的基因（圖5C）。3 結(jié)論與討論

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：2959934