本文關(guān)鍵詞：胃癌外周血基因標(biāo)志物研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的通過收集和分析胃癌患者及對照組的血液全基因表達譜的找出與胃癌相關(guān)的血液基因標(biāo)志物。方法1血樣收集:樣本于2014~2015年采集于安徽醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院包括:胃癌組36份血液樣本;健康對照組:55例;非胃癌的其他腫瘤對照組125例。2提取RNA和RNA的質(zhì)量控制:用PAXgene Blood RNA抽提試劑盒提取外周血總RNA。評估總RNA的濃度和純度。通過Agilent 2100生物分析儀檢測總RNA的片段完整性。3基因芯片雜交:全血RNA與基因芯片雜交分析,RNA樣品的基因表達譜利用Affymetrix表達控制臺軟件處理并經(jīng)MAS5算法標(biāo)準(zhǔn)化,使之可被比較分析差異。4基因芯片數(shù)據(jù)分析:運用Sentinel Pair TM,Log Reg TM進行分析運算,用蒙特卡洛方法(Monte Car lo Method)從大量的數(shù)據(jù)中加速尋找表達有顯著差異的基因組(gene panel)。比較分析各基因組在各實驗組中的區(qū)別能力,甄別出符合假設(shè)的基因組。并用邏輯回歸統(tǒng)計分析方法評估上述基因構(gòu)成的基因組合對胃癌的診斷作用。結(jié)果5通過自我訓(xùn)練的邏輯回歸模型,研究確定了檢測胃癌的四個候選基因包括PURB,SMC1L1,DENND1B和PDCD4。這些基因表達在胃癌組與健康對照組對比顯示:其中兩個基因(PURB,DENND1B)在胃癌組中過表達(2.2倍,1.5倍),另兩個基因(SMC1L1,PDCD4)則呈低表達(-1.6倍,-1.7倍)。這個四基因組表達在胃癌與健康對照組之間呈線性倍增變化,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.001)。6訓(xùn)練集中,這四個基因組顯示的ROC AUC為0.99,準(zhǔn)確率95%,敏感性90%,對健康對照組特異性為100%,對非胃癌的其他腫瘤對照組特異性為95%。7為了驗證這四個基因組的可能性是否僅僅由于隨機的機會,我們進行了2倍交叉驗證,從中我們得出結(jié)論,所觀察到的4個基因組合的表現(xiàn),不可能是隨機的結(jié)果。8然后我們用上述建立在訓(xùn)練集上的數(shù)學(xué)預(yù)測模型來評估完全獨立樣本的測試集,評估的結(jié)果與預(yù)測模型在訓(xùn)練集的表現(xiàn)相似:ROC AUG為99%,準(zhǔn)確率94%,敏感性100%,對健康對照組特異性為100%,對非胃癌的其他腫瘤對照組特異性為88%。9將訓(xùn)練集和測試集的結(jié)果相結(jié)合,得出這個四個基因組診斷胃癌的準(zhǔn)確度為95%,敏感性為92%,特異性為96%。結(jié)論本研究顯示了使用外周血的基因表達譜檢測胃癌的可能性。研究發(fā)現(xiàn)了一個外周血四基因組的胃癌特異性基因標(biāo)志物,這個四基因組包含PURB[purine-rich element binding protein B],SMC1L1[structural maintenance of chromosomes 1A],DENND1B[DENN/MADD domain containing 1B]和PDCD4[programmed cell death 4]四個基因。這一基因組檢測胃癌具有極高的準(zhǔn)確性、敏感性及特異性,遠(yuǎn)遠(yuǎn)超越傳統(tǒng)的腫瘤標(biāo)記物檢測。有望成為胃癌的風(fēng)險評估基因并成為潛在的臨床生物學(xué)標(biāo)志,為建立實用的外周血胃癌篩查技術(shù)奠定基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：基因標(biāo)志物 胃癌 基因組 外周血
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.2
【目錄】：

• 英漢縮略語名詞對照5-6
• 摘要6-8
• ABSTRACT8-11
• 1 引言11-18
• 2. 實驗材料與方法18-40
• 2.1 研究人群18-19
• 2.2 外周血采集和總RNA抽提19-29
• 2.3 基因表達譜芯片雜交29-38
• 2.4 數(shù)據(jù)處理和生物信息分析38-40
• 3 結(jié)果40-46
• 4 討論46-49
• 5 結(jié)論49-50
• 6 展望50-51
• 參考文獻51-56
• 附錄56-57
• 致謝57-58
• 綜述58-65
• 參考文獻62-65

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本文編號：290229