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廣西BmNPV病毒株hr5序列和gp64基因遺傳多態(tài)性分析

發(fā)布時(shí)間:2020-08-03 18:31
【摘要】:家蠶核型多角體病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)可引發(fā)家蠶血液型膿病,給蠶業(yè)帶來嚴(yán)重?fù)p失。同時(shí),BmNPV也作為良好的外源基因表達(dá)材料應(yīng)用于現(xiàn)代醫(yī)學(xué)研究和生物技術(shù)等方面。BmNPV同源重復(fù)區(qū)hrs可以作為該病毒基因組復(fù)制的起點(diǎn),并且能夠作為增強(qiáng)子增強(qiáng)基因的表達(dá)效率,對BmNPV的增殖有著密切的關(guān)聯(lián)。囊膜糖蛋白GP64可識別細(xì)胞膜表面的受體,是病毒入侵宿主細(xì)胞所需的重要結(jié)構(gòu),對病毒在宿主體內(nèi)的傳播具有關(guān)鍵性作用。本研究通過對采集自廣西各蠶區(qū)的家蠶血液型膿病樣本,進(jìn)行BmNPV多角體的純化,提取其BmNPV病毒株的全基因組,并對基因組的同源重復(fù)區(qū)hr5和囊膜糖蛋白gp64基因進(jìn)行克隆,經(jīng)過測序和序列分析,結(jié)果顯示:1.本試驗(yàn)通過對19株廣西BmNPV病毒株hr5進(jìn)行克隆分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)廣西BmNPV病毒株的hr5核苷酸序列出現(xiàn)不同程度的變異,表現(xiàn)在由大片段的缺失和插入造成序列長度差別較大。這種差別不僅出現(xiàn)在不同毒株之間,而且同一毒株兩個(gè)目的序列也不盡相同。19個(gè)供試毒株的hr5大小在165-999 bp之間,其中,有10個(gè)毒株分別擴(kuò)增出兩個(gè)不同長度的/hr5,有2個(gè)毒株出現(xiàn)了整個(gè)同源重復(fù)序列的缺失,其他毒株也存在不同程度的回文片段缺失或增加。以此認(rèn)定hr5并非病毒復(fù)制的必需因子,但hrs不同的回文序列之間存在功能補(bǔ)償或相互替代作用,使病毒不僅能保持其基因的穩(wěn)定性,更能維持其對新環(huán)境適應(yīng)性能,這就是病毒在新老環(huán)境下皆能得以為繼與不斷適應(yīng)與生存的意義所在。2.通過對供試的18個(gè)BmNPV病毒株gp64基因的克隆。結(jié)果發(fā)現(xiàn),其中有2個(gè)毒株與T3株gp64基因ORF的長度一致,有2個(gè)毒株的gp64基因ORF在94-96位有3個(gè)核苷酸的缺失,有10個(gè)毒株的gp64基因ORF在97-102位上有6個(gè)核苷酸的插入。該突變位點(diǎn)位于GP64蛋白的N端信號肽序列,所缺失和插入的氨基酸均為疏水性氨基酸,該突變對相應(yīng)區(qū)域結(jié)構(gòu)或功能是否有影響還有待進(jìn)一步深入研究。3.依據(jù)與BmNPV病毒株gp64 ORF構(gòu)建的遺傳進(jìn)化樹比較,結(jié)果顯示區(qū)內(nèi)各分離毒株與國外的毒株不在同一亞群,說明gp64基因的遺傳具有地域特點(diǎn)。4.通過對供試BmNPV病毒株的gp64基因和hr5序列核苷酸序列同源性對比,發(fā)現(xiàn)gp64基因序列間的同源性在97.5%以上,而hr5序列的核苷酸同源性僅在66%以上。從此可以認(rèn)定結(jié)構(gòu)蛋白基因gp64更具保守性,而基因間區(qū)序列hr5則不然。
【學(xué)位授予單位】:廣西大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S884.51
【圖文】:

形態(tài)圖,多角體,形態(tài),片段


歹丨刪亍邋PCR邋擴(kuò)增時(shí)發(fā)現(xiàn),GXHJ、GXJX、GXLY、GXLC、GXNM、GXPB、GXXD、逡逑GXYF、GXYJ和GXZS出現(xiàn)了兩個(gè)不同長度的片段,對兩個(gè)片段進(jìn)行克隆測序,逡逑它們的核苷酸序列皆符合同源重復(fù)區(qū)的特征。如圖3-3(A)表示GXTY、CXCW、逡逑GXYZ1、GXZP、GXRX、GXMS2的擴(kuò)增目的序列大小,圖3-3(B)表示GXLY逡逑株在擴(kuò)增時(shí)出現(xiàn)兩條目的條帶。逡逑22逡逑

序列,序列,條帶,目的


對目的條帶進(jìn)行純化后進(jìn)行序列克隆,對抽提的克隆質(zhì)粒進(jìn)行PCR擴(kuò)增后,逡逑初步鑒定目的條帶成功得到克隆,并對質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切鑒定,最終確定了陽性克逡逑隆,如圖3-4表示GXLeY-1和GXLeY-2邋/V邋I邋/價(jià)m//邋I雙酶切電泳檢測圖。逡逑23逡逑

序列,同源性,毒株,結(jié)構(gòu)分析


分析BmNPV病毒株各ArJ序列同源性,發(fā)現(xiàn)只有GXZS-1和GXNN、逡逑GXNM-1和GXZP、GXNM-2和GXTY之間的同源性達(dá)到了邋100%,其他序列間逡逑的同源性在52.5%以上。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

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相關(guān)博士學(xué)位論文 前3條

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本文編號:2780033

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