【摘要】：本研究通過對木本基質(zhì)下培養(yǎng)的糙皮側(cè)耳7株不同菌株進(jìn)行降解木質(zhì)素的高效菌株進(jìn)行篩選,對篩選出來的糙皮側(cè)耳菌株采用Illumina HiSeq 4000 SBS高通量測序平臺進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,挖掘糙皮側(cè)耳降解木質(zhì)基質(zhì)的候選基因,通過比對到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等數(shù)據(jù)庫中得到差異基因相關(guān)信息,再通過GO富集分析、pathway富集分析,得到與降解木質(zhì)素、纖維素相關(guān)的候選基因以及相關(guān)的主要代謝通路。再對與木質(zhì)素降解相關(guān)的候選基因中挑選出3個過氧化物酶基因c30793-g1、c28624_g1、c31898_g1,利用基因工程手段對3個過氧化物酶基因進(jìn)行克隆以及異源表達(dá)載體的構(gòu)建,主要研究結(jié)果如下:1、對糙皮側(cè)耳四季大白、平菇1號、平菇2號、pL109、pL206、pL305、pL539這7株菌株進(jìn)行了定性篩選和定量篩選,通過變色圈實驗來實現(xiàn)對菌株的定性,實驗結(jié)果表明7株菌株均有降解木質(zhì)素的能力,根據(jù)菌落直徑與變色圈直徑比值d1/d2以及生長狀況篩選出四季大白與PL305降解木質(zhì)素的能力較強。定量篩選通過計算木質(zhì)素降解率和綜纖維素降解率以及SF值,SF值0.91為平菇1號和PL206,SF值0.83為四季大白。木質(zhì)素降解率最高的為四季大白14.87%,,綜纖維素降解率最低為PL109為7.80%。綜上篩選出四季大白是本次實驗的高效菌株。2、轉(zhuǎn)錄組測序共得到有效數(shù)據(jù)共78.47Gb,糙皮側(cè)耳轉(zhuǎn)錄本序列64228條,單基因序列共46417條。使用BLast工具將轉(zhuǎn)錄本序列比對到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等數(shù)據(jù)庫中,共有33736條序列得到注釋。得到1408條差異表達(dá)基因,其中有1183條基因為上調(diào),通過GO富集分析得到,差異基因顯著富集于木質(zhì)素分解代謝過程、錳過氧化物酶活性、苯丙素分解代謝過程中。將差異基因比對到KEGG數(shù)據(jù)庫中,共有313條得到注釋的序列并對其進(jìn)行pathway富集分析,得到差異基因顯著富集于氨基苯甲酸降解過程、色氨酸代謝、β-丙氨酸代謝、等通路中。其中c27028_g1、c28624_g1、c30793_g1、c30849_g1等基因與木質(zhì)素降解過程相關(guān)性較高。c24893_g1、c29559_g1、c29956_g2等基因與纖維素降解的過程相關(guān)性較高。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析結(jié)果篩選出來的與木質(zhì)素降解相關(guān)的候選關(guān)鍵基因中,挑選出c31898_g1、c28624_g1、c30793-g1三個過氧化物酶基因,利用RT-PCR技術(shù)對這3個基因進(jìn)行了克隆,成功克隆3個基因后,進(jìn)行PMD-19T載體的連接,得到了c30793-PlxMD19-T、c28624-PMD19-T、c31898-PMD19-T 三個重組載體,c30793-PMD19-T、c28624-PMD19-T、c31898-PMD19-T三個重組載體與目的載體pGAPZαA進(jìn)行雙酶切,酶切后進(jìn)行連接,成功構(gòu)建3個重組表達(dá)載體c28624-pGAPZαA、c31898-pGAPZαA、c30793-pGAPZαA。
【學(xué)位授予單位】：東北林業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S646.14
【圖文】：

圖２－１邋７株菌株的變色圈逡逑表２－２變色圈直徑、菌落直徑菌落直徑（ｄｌ）邋ｃｍ邐變色圈直徑（ｄ２）邋ｃｍ邋ｄｌ／ｄ２逡逑５＾８邐＇邐４＾８邐Ｖ２＼逡逑６．６邐５．１邐１．２９逡逑５．３邐２．２邐２．４１逡逑５．５邐３．１邐１．７７逡逑７．４邐６．１邐１．２１逡逑６．８邐５．３邐１．２８逡逑＾６邐４＾邐Ｌ２１選的結(jié)果與分析逡逑解木質(zhì)素和綜纖維素的降解率進(jìn)行了計算，從表中可看出木為四季大白，其次為ＰＬ３０５，降解率分別為１２．３７％、１０．３０降解率也為最高，分別為１４．８７％、１３．４０％。木質(zhì)素降解率解率為７．８０％，對綜纖維素降解率較低的菌株有ＰＬ２０６和平１０．８０％逡逑表２－３木粉纖維素降解數(shù)據(jù)辦二畝■培養(yǎng)前綜纖培養(yǎng)前綜纖培養(yǎng)后綜纖逡逑

圖３－１邋ＲＮＡ電泳圖逡逑組測序數(shù)據(jù)與組裝結(jié)果統(tǒng)計逡逑種不同培養(yǎng)基質(zhì)樣品，木本培養(yǎng)基（ＰＯ＿Ｗ）、ＰＤ培養(yǎng)基（ＰＯ＿Ｃ進(jìn)行測序。對測序結(jié)果的分析表明（表３－４），有效數(shù)據(jù)共７８．４７Ｑ２０堿基百分比均不小于９８．７０％，邋Ｑ３０堿基百分比均不小于９５．９效，能夠進(jìn)行統(tǒng)計分析。逡逑結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計（表３－５），得到６４２２８條序列重疊群組裝轉(zhuǎn)錄本序，Ｎ５０長３７３４邋ｂｐ。得到４６４１７條轉(zhuǎn)錄本序列組裝單基因序列，序１ｂｐ，邋Ｎ５０長２８５９邋ｂｐ，單基因序列的平均長度主要為１？１０００邋ｂｐ度大于邋１０００邋ｂｐ邋的有邋８１９４邋條，占邋１７．６５％。逡逑數(shù)據(jù)提交到ＮＣＢＩ中，ＳＲＡ登陸號：ＳＲＰ１０７８２４。逡逑表３－４樣品有效數(shù)據(jù)評估讀數(shù)邐堿基邐錯誤率／％邐Ｑ２０／％邐Ｑ３０／％５８６４００８６邐８７６０７６８７２８邐ＯＭＵ邐９８．７８邐９６Ｔ７５４０７３５４２邐８０７３５１０７１７邐０．０１１３邐９８．７３邐９６．０６

【參考文獻(xiàn)】

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1 王威;丑天勝;劉芳;嚴(yán)俊杰;吳塔菊;李少杰;謝寶貴;;金針菇單、雙核菌絲差異表達(dá)基因分析[J];菌物學(xué)報;2015年04期

2 劉芳;王威;謝寶貴;;金針菇菌絲與原基差異表達(dá)基因分析[J];食用菌學(xué)報;2014年01期

3 肖翔;官春云;尹明智;李h;官梅;;基因芯片技術(shù)在農(nóng)業(yè)中應(yīng)用的研究進(jìn)展[J];中國農(nóng)學(xué)通報;2012年33期

4 祁云霞;劉永斌;榮威恒;;轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J];遺傳;2011年11期

5 申進(jìn)文;徐柯;麻兵繼;王震;莊慶利;關(guān)園園;張彪;張玉亭;;伏牛山大型真菌資源(Ⅲ)[J];食用菌;2010年02期

6 高千千;朱啟忠;;漆酶-介體體系(LMS)及其應(yīng)用[J];環(huán)境工程;2009年S1期

7 鄧勛;宋瑞清;閔凱;宋小雙;孫海珍;;高效選擇性降解稻草木質(zhì)素的菌株及其產(chǎn)酶特性的研究[J];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報;2009年04期

8 王大力;黃大鵬;;基因表達(dá)系列分析技術(shù)研究進(jìn)展[J];動物醫(yī)學(xué)進(jìn)展;2009年04期

9 蔡為明;李南羿;謝鳴;高中山;金群力;;利用mRNA差異顯示技術(shù)研究香菇發(fā)育相關(guān)基因[J];菌物學(xué)報;2009年02期

10 張力;韓大勇;邵喜霞;;白腐真菌木質(zhì)素降解酶系研究進(jìn)展[J];中國牧業(yè)通訊;2008年23期

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1 耿麗麗;基于RNA-Seq技術(shù)的栽培和野生番茄轉(zhuǎn)錄組分析[D];浙江理工大學(xué);2017年

2 王年久;mRNA差異顯示技術(shù)研究糙皮側(cè)耳菌絲體及子實體差異表達(dá)基因[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

3 杜海萍;幾種真菌對稻草生物降解的研究[D];東北林業(yè)大學(xué);2006年

4 程道軍;家蠶大規(guī)模EST測序及脂肪體基因表達(dá)譜分析[D];西南農(nóng)業(yè)大學(xué);2003年

本文編號：2741479