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基于COI基因和D-loop區(qū)部分序列比較雷州半島東、西岸湖棲鰭蝦虎魚群體的遺傳多樣性

發(fā)布時間:2019-11-14 10:24
【摘要】:為比較分析雷州半島東、西兩岸湖棲鰭蝦虎魚(Gobiopterus lacustris)遺傳差異,以COI基因和D-loop區(qū)部分序列為分子標(biāo)記,獲取雷州半島湖棲鰭蝦虎魚群體COI序列44條(九龍山群體21條,高橋群體23條)、D-loop序列53條(九龍山群體25條,高橋群體28條)。基于COI基因部分序列分析結(jié)果顯示:619 bp的44條序列中,統(tǒng)計的變異位點29個;T、C、A、G堿基組成分別為:27.8%、31.0%、23.7%、17.5%,且A+T(51.5%)高于C+G(48.5%);單倍型多樣性比較,九龍山群體(0.695)高橋群體(0.324);遺傳分化分析表明東、西群體分化顯著(Snn=0.0.591,0.01P0.05),基因流(Nm)為5.37,遺傳分化系數(shù)(Gst)為0.147,固定指數(shù)(Fst)為0.042(0.001P0.01),核苷酸差異數(shù)(Kxy)為2.547,核苷酸歧義度(Dxy)為0.004。而基于D-loop區(qū)部分序列分析結(jié)果表明:563 bp的53條序列中,變異位點133個;T、C、A、G堿基組成分別為:32.3%、14.8%、35.5%、17.4%,A+T(67.8%)明顯高于C+G(32.2%);單倍型多樣性與COI分析結(jié)果類似,九龍山群體(0.797)高橋群體(0.661);遺傳分化分析表明東、西群體分化極顯著(Snn=0.970,P0.001),Fst為0.315(P0.001),Nm值為0.55,Gst、Kxy、Dxy分別為:0.157、3.506、0.006;AMOVA分析揭示群體內(nèi)變異程度高于群體間;聚類分析表明,基于COI基因與D-loop區(qū)部分序列構(gòu)建的鄰位鏈接法聚類樹(NJ樹)均存在按照采樣點聚類的現(xiàn)象,但D-loop更為明顯。綜上,雷州半島東、西兩岸湖棲鰭蝦虎魚群體出現(xiàn)較為明顯的分化現(xiàn)象。

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本文編號:2560764

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