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基于線粒體COI基因序列的壯真蝎與普洱真蝎的分子鑒定

發(fā)布時(shí)間:2018-12-14 17:17
【摘要】:對(duì)蝎類物種的傳統(tǒng)分類主要依靠形態(tài)和行為特征,但由于該類群種間形態(tài)特征極為相似,物種的劃分和鑒定困難。為彌補(bǔ)傳統(tǒng)分類方法的不足,本研究以線粒體細(xì)胞色素氧化酶亞基Ⅰ(COI)基因作為分子標(biāo)記,對(duì)形態(tài)相似的壯真蝎Euscorpiops validus和普洱真蝎E.puerensis進(jìn)行分子水平的物種鑒定。采用PCR擴(kuò)增測(cè)序獲得壯真蝎與普洱真蝎共24個(gè)樣本的COI基因部分片段序列(660 bp),進(jìn)行了遺傳距離、系統(tǒng)發(fā)育及單倍型網(wǎng)絡(luò)圖分析。結(jié)果顯示:壯真蝎15個(gè)樣本中共檢測(cè)到4個(gè)單倍型,單倍型之間的相似度為99.3%~99.8%;普洱真蝎9個(gè)樣本中共檢測(cè)到4個(gè)單倍型,單倍型之間的相似度為99.6%~99.8%;2種蝎的種間序列相似度為90.1%~90.6%,單倍型間的穩(wěn)定差異核苷酸位點(diǎn)數(shù)為61個(gè)。壯真蝎與普洱真蝎種內(nèi)平均遺傳距離分別為0.004 0、0.002 3,種間平均遺傳距離為0.103 9,且種間遺傳距離為種內(nèi)的34.6倍。此外,分子系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示壯真蝎與普洱真蝎的單倍型序列各自聚為2個(gè)單系枝,且具有很高的分枝自舉值(100%)。單倍型網(wǎng)絡(luò)圖結(jié)果也顯示壯真蝎與普洱真蝎8個(gè)單倍型明顯分為2大類群,且壯真蝎的單倍型HAP2與普洱真蝎的單倍型HAP7之間的突變步數(shù)高達(dá)62步。上述結(jié)果不僅進(jìn)一步確認(rèn)壯真蝎與普洱真蝎為2個(gè)不同的物種,且表明線粒體COI基因可用于開(kāi)展真蝎屬Euscorpiops物種的分子鑒定。
[Abstract]:The traditional classification of scorpion species mainly depends on morphological and behavioral characteristics, but it is difficult to classify and identify the species due to the similarity of morphological characteristics among species. In order to make up for the deficiency of traditional classification methods, the mitochondrial cytochrome oxidase subunit (COI) gene was used as molecular marker to identify the species of Euscorpiops validus and E.puerensis of Scorpion sinensis. The partial COI gene fragment sequences (660 bp),) of 24 samples from Scorpio and Pu'er Scorpio were obtained by PCR amplification and sequencing. The genetic distance, phylogeny and haplotype network were analyzed. The results showed that 4 haplotypes were detected in 15 Scorpio samples, and the similarity between haplotypes was 99.3 and 99.8, respectively. A total of 4 haplotypes were detected in 9 samples of Pu'er Scorpio, and the similarity between haplotypes was 99.6 and 99.8, respectively. The similarity of interspecific sequences of the two scorpions was 90.1 and 90.6, and the stable difference of nucleotide sites between haplotypes was 61. The average genetic distance between Scorpio and Pu'er Scorpio was 0.004 0.0023, and the average genetic distance between species was 0.103 9, and the genetic distance between species was 34.6 times of that within species. In addition, the molecular phylogenetic tree showed that the haplotypes of Scorpio and Pu'er Scorpio were clustered into two monotypic branches, and had a high branch bootstrap value (100%). The results of haplotype network also showed that 8 haplotypes of Scorpio and Pu'er Scorpio could be divided into two groups, and the number of mutation steps between haplotype HAP2 and haplotype HAP7 of Pu'er scorpion was as high as 62 steps. These results not only confirmed that Scorpio and Pu'er are two different species, but also suggested that mitochondrial COI gene could be used for molecular identification of Euscorpiops species of Scorpio.
【作者單位】: 云南大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】:云南省大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計(jì)劃項(xiàng)目(201310673008) 云南大學(xué)引進(jìn)人才科研啟動(dòng)資金項(xiàng)目(XT412002)
【分類號(hào)】:Q953

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本文編號(hào):2379004

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