【摘要】：本試驗(yàn)旨在對(duì)陸川豬FAM134B基因進(jìn)行克隆及生物信息學(xué)分析。本研究利用Gen Bank公布的豬序列設(shè)計(jì)引物,應(yīng)用RT-PCR擴(kuò)增得到目的基因片段,應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析和預(yù)測了陸川豬FAM134B基因的理化性質(zhì)與二級(jí)結(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示:陸川豬FAM134B基因編碼區(qū)全長1 107 bp,編碼368個(gè)氨基酸;陸川豬FAM134B基因與與金華豬(JX854456.1)、牛(KM587693.1)、山羊(KF684947.1)、人(NM_001034850.2)、小鼠(NM_001034851.2)、大鼠(NM_001034912.1)、非洲爪蟾(NM_001126975.1)序列相似性分別為87.80%、87.44%、86.9%、68.47%、67.01%、67.29%、61.44%,結(jié)合系統(tǒng)進(jìn)化樹分析,結(jié)果表明不同物種FAM134B基因在進(jìn)化過程中具有高度保守性。通過比較分析發(fā)現(xiàn),陸川豬FAM134B基因CDS序列區(qū)比NCBI公布的金華豬FAM134B序列(JX854456.1)多了一段129 bp序列,比預(yù)測的豬FAM134B序列(XM_003483804.2)少了一段371 bp,這提示所擴(kuò)增得到的陸川豬FAM134B基因有可能是另外一種剪接體。本研究成功克隆陸川豬FAM134B基因完整的CDS序列,為今后FAM134B基因在陸川豬的脂肪沉積及脂肪代謝方面的研究提供基礎(chǔ)理論。
[Abstract]:The aim of this study was to clone and bioinformatics analysis of FAM134B gene in Luchuan pig. In this study, primer was designed by using pig sequence published by Gen Bank and the target gene fragment was amplified by RT-PCR. The physicochemical properties and secondary structure of FAM134B gene of Luchuan pig were analyzed and predicted by bioinformatics method. The results showed that the encoding region of FAM134B gene of Luchuan pig was 1 107 bp, encoding 368 amino acids. The association of FAM134B gene with Jinhua pig (JX854456.1), cattle (KM587693.1), goat (KF684947.1), human (NM_001034850.2), mouse (NM_001034851.2), and rat (NM_001034912.1), and the relationship between Luchuan pig FAM134B gene and Jinhua pig (JX854456.1), cattle (KM587693.1), goat (KF684947.1), human (NM_001034850.2), mouse (NM_001034851.2), rat (NM_001034912.1), The similarity of the sequence of Xenopus (NM_001126975.1) was 87.80 and 87.449.The similarity of the sequence was 68.471and 67.01and 67.29.The similarity of the sequence was 87.80 and 87.449.The phylogenetic tree was used to analyze the sequence of Xenopus laevis (Xenopus laevis). The results showed that FAM134B gene was highly conserved in the evolution of different species. By comparative analysis, it was found that the CDS region of Luchuan pig FAM134B gene was 129bp more than the Jinhua FAM134B sequence (JX854456.1) published by NCBI, and 371bp, less than the predicted FAM134B sequence (XM_003483804.2). This suggests that the amplified FAM134B gene of Luchuan pig may be another splice. In this study, the complete CDS sequence of FAM134B gene of Luchuan pig was cloned successfully, which provided the basic theory for the future study of FAM134B gene in fat deposition and fat metabolism of Luchuan pig.
【作者單位】： 廣西壯族自治區(qū)畜牧研究所廣西家畜遺傳改良重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31360544) 廣西自然科學(xué)基金項(xiàng)目(2011GXNSFA018109,2013GXNSFBA019117) 廣西水產(chǎn)畜牧科技推廣應(yīng)用項(xiàng)目(桂漁牧科201452020)共同資助
【分類號(hào)】：S828

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