【摘要】：本研究旨在通過對(duì)冬夏兩季蒙古牛皮膚組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和生物信息學(xué)分析,找到與蒙古�？购誀钕嚓P(guān)的信號(hào)通路及候選基因。用Ion ProtonTMSequencer分別對(duì)冬季和夏季成年蒙古牛的皮膚組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,隨后對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、與參考基因組比對(duì)、差異表達(dá)分析、GO和KEGG富集分析以及候選基因篩選,并用Real-time PCR方法對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行可靠性檢測(cè)。結(jié)果顯示,冬季組和夏季組分別得到86 954 060和69 837 009條reads;冬季組與參考基因組的唯一比對(duì)率為73.21%,夏季組為75.55%;冬夏兩組共有182個(gè)差異表達(dá)基因(DEGs),與夏季組相比,其中117個(gè)在冬季組中上調(diào),65個(gè)在冬季組中下調(diào);Real-time PCR分析顯示,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果可靠;GO分析結(jié)果顯示,細(xì)胞組分、分子功能、生物學(xué)過程分別富集到21、39和224個(gè)term;KEGG分析結(jié)果顯示,差異表達(dá)基因(DEGs)顯著地富集在脂類代謝、凝血、酪氨酸代謝、類固醇合成和視黃醇代謝相關(guān)通路上;共篩選出8個(gè)候選基因。綜上表明,脂類代謝、凝血、黑色素合成相關(guān)通路和基因,以及與毛發(fā)發(fā)生相關(guān)的基因可能在蒙古�？购^程中發(fā)揮重要作用。
[Abstract]:In this study, transcriptome sequencing and bioinformatics analysis of Mongolian cattle skin tissues in winter and summer were carried out to find the signal pathway and candidate genes related to cold resistance traits of Mongolian cattle. The skin tissues of adult Mongolian cattle in winter and summer were sequenced by Ion ProtonTMSequencer. The transcriptome data were processed and compared with reference genome, differential expression analysis, GO and KEGG enrichment analysis and candidate gene screening. Real-time PCR method was used to detect the reliability of transcriptional data. The results showed that the unique alignment rates of 86 954 060 and 69 837 009 reads; in winter and summer were 73.21 and 75.55, respectively. There were 182 differentially expressed genes (DEGs), in winter and summer groups, 117 of which were up-regulated in winter and 65 down-regulated in winter. Real-time PCR analysis showed that the sequencing of transcriptome was reliable. GO analysis showed that cell components, molecular functions and biological processes were enriched to 21n39 and 224 term;, respectively. KEGG analysis showed that the differentially expressed gene (DEGs) was significantly enriched in lipid metabolism, coagulation, tyrosine metabolism, steroid synthesis and retinol metabolism, and 8 candidate genes were screened out. In conclusion, lipid metabolism, coagulation, melanin synthesis related pathways and genes, as well as the genes related to hair development, may play an important role in the cold resistance of Mongolian cattle.
【作者單位】： 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(2011BAD18B00) 內(nèi)蒙古自治區(qū)科技計(jì)劃項(xiàng)目(20131403)
【分類號(hào)】：S823.81

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本文編號(hào)：2320324