【摘要】：目的探討RYBP介導(dǎo)白血病細(xì)胞凋亡的靶基因。方法利用慢病毒介導(dǎo)的RNA干擾技術(shù),建立多批次RYBP基因穩(wěn)定沉默的HL60細(xì)胞株及空載體對(duì)照組(NC);通過二代測序技術(shù)對(duì)不同批次干擾的上述3對(duì)細(xì)胞進(jìn)行mRNA測序及miRNA測序,利用KEGG等生物信息學(xué)分析方法 ,預(yù)測靶基因。結(jié)果成功構(gòu)建RYBP穩(wěn)定沉默的HL60細(xì)胞株。二代測序篩選出明顯差異的mRNA及miRNA(P0.05)。Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn)表達(dá)下調(diào)的基因與氨基酸合成,癌癥轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)紊亂,氨基酸代謝等相關(guān)的KEGG pathway有關(guān),詳見后述;沉默RYBP后,SPI1與hsa-miR-214-3p均表達(dá)降低(P0.05)。結(jié)論RYBP介導(dǎo)白血病細(xì)胞凋亡的靶基因可能為:BBC3、BAI1、SESN2、CCNG2、JAK3、STAT4、SPI1、BCL6、CD11b和hsa-miR-214-3p。
[Abstract]:Objective to investigate the target gene of RYBP mediated leukemia cell apoptosis. Methods Lentivirus mediated RNA interference was used to establish HL60 cell lines with stable silencing of multiple batches of RYBP gene and empty vector (NC);. MRNA sequencing and miRNA sequencing of the three pairs of cells with different batches of interference were carried out by second generation sequencing technique. The target gene was predicted by KEGG and other bioinformatics analysis methods. Results RYBP stable silencing HL60 cell line was successfully constructed. The significant enrichment analysis of mRNA and miRNA (P0.05) .Pathway showed that the down-regulated genes were related to the synthesis of amino acids, the disorder of transcription regulation of cancer, the metabolism of amino acids, etc. The expression of SPI1 and hsa-miR-214-3p decreased after silencing RYBP (P0.05). Conclusion the target genes of RYBP mediated leukemic cell apoptosis may be: 1: BBC3 BAI1, SESN2, CCNG2, JAK3, STAT4, SPI1, BCL6, CD11b and hsa-miR-214-3p.
【作者單位】： 廣州醫(yī)科大學(xué)附屬廣州市第一人民醫(yī)院血液內(nèi)科;
【基金】：廣東省自然科學(xué)基金(編號(hào):2014A030313676) 中華醫(yī)學(xué)會(huì)臨床醫(yī)學(xué)科研專項(xiàng)資金(編號(hào):16010050621) 廣州市科技計(jì)劃項(xiàng)目(編號(hào):201508020254)
【分類號(hào)】：R733.7

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2188101