在葡萄果實(shí)發(fā)育Ⅰ、Ⅲ期差異表達(dá)的SWEET基因家族成員的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2018-07-15 09:23
【摘要】:為探索SWEET基因家族在葡萄果實(shí)發(fā)育中的表達(dá)與功能,以本實(shí)驗(yàn)室完成的釀酒葡萄品種赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果實(shí)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),篩選出在Ⅰ期和Ⅲ期表達(dá)量存在顯著差異的9個SWEET基因家族成員,利用生物信息學(xué)工具,對這9個基因的基因結(jié)構(gòu)、蛋白的基本理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、亞細(xì)胞定位、保守基序和序列同源性等進(jìn)行預(yù)測分析,并利用實(shí)時熒光定量PCR(qPCR)技術(shù)對分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證;蚪M定位結(jié)果發(fā)現(xiàn)這9個SWEET基因分布在7條染色體上,蛋白序列可分成4個亞族。不同成員間氨基酸數(shù)目、氨基酸序列間的疏水性存在一定的差異;二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果顯示,這9個SWEET基因的氨基酸序列以α-螺旋和無規(guī)則卷曲為主要組成部分;基因結(jié)構(gòu)分析表明,除VvSWEET4含有4個內(nèi)含子,其余8個均含有5個內(nèi)含子;對9個SWEET基因家族成員蛋白的亞細(xì)胞定位預(yù)測分析表明:它們大多定位在質(zhì)膜、葉綠體類囊體膜和液泡膜上;QPCR結(jié)果表明,在Ⅰ期和Ⅲ期差異表達(dá)的9個SWEET基因家族成員中,5個基因上調(diào)表達(dá),4個基因下調(diào)表達(dá),與轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果一致。
[Abstract]:In order to explore the expression and function of SWEET gene family in grape fruit development, the transcriptome data of Cabernet Sauvignon 鈪,
本文編號:2123587
[Abstract]:In order to explore the expression and function of SWEET gene family in grape fruit development, the transcriptome data of Cabernet Sauvignon 鈪,
本文編號:2123587
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