本文選題：不明原因肺炎 + 腺病毒B組型　； 參考：《中國病原生物學雜志》2017年03期

【摘要】：目的對1例不明原因肺炎患者進行病原學診斷,分析其病原學特征及重組特點,為其防治提供參考。方法采集患者的咽拭子標本,提取DNA,采用Real-time熒光定量PCR法檢測病原體特異性片段;采用Hep-2細胞培養(yǎng)分離病毒;通過Sanger測序hexon基因進行型別鑒定,通過高通量測序技術對病毒進行全基因組測序,采用MEGA6.0軟件進行序列比對,通過鄰近歸并法(Neighbor-Joining)構建種系發(fā)生進化樹分析基因特征,運用Simplot軟件進行序列重組分析。結果從患者咽拭子標本中檢測并分離到腺病毒,hexon基因測序后進行比對分析,其與腺病毒B組55型及11型同源性較高;全基因測序顯示該病毒與HAdV-55QS-DLL及Shanxi/QZ01/2011株同源性較高,在E1B、DNA-Polymerase、100Ka Hexon和Fiber編碼區(qū)存在氨基酸變異;種系發(fā)生進化樹顯示該毒株與腺病毒14型同屬一支,與腺病毒11型進化分支較近;相似性曲線及BootScan分析顯示該病毒株于hexon編碼區(qū)存在HAdV-11與HAdV-14型間重組。結論本例患者不明原因肺炎由腺病毒B組55型感染引起,該病毒由HAdV-11與HAdV-14重組產生,其生物學特性有待進一步研究。
[Abstract]:Objective to analyze the etiological characteristics and recombination characteristics of a patient with unknown pneumonia and to provide reference for its prevention and treatment. Methods the throat swabs of the patients were collected, DNA was extracted, real-time fluorescence quantitative PCR was used to detect the pathogen specific fragments, Hep-2 cells were cultured to isolate the virus, and the hexon gene was sequenced by Sanger. The whole genome of the virus was sequenced by high-throughput sequencing technique. The sequence alignment was carried out with MEGA 6.0 software. The phylogenetic tree was constructed by neighbor join method and the sequence recombination analysis was carried out with Simplot software. Results the adenovirus hexon gene was sequenced from the throat swabs of the patients, and compared with the adenovirus B group 55 and 11, the whole gene sequencing showed that the virus had high homology with HAdV-55QS-DLL and Shanxi-QZ01 / 2011 strain, and had higher homology with the adenovirus group B group 55 and 11, and the whole gene sequencing showed that the virus had high homology with HAdV-55QS-DLL and Shanxi-QZ01 / 2011 strain. There were amino acid variations in the coding region of 100Ka Hexon and fiber in E1BHN DNA-Polymerase, and the phylogenetic tree showed that the strain belonged to the same branch of adenovirus type 14, and was close to the evolutionary branch of adenovirus type 11. The similarity curve and BootScan analysis showed that there was a recombination between HAdV-11 and HAdV-14 in the hexon coding region. Conclusion the unknown pneumonia of this patient was caused by the infection of adenovirus group B 55, which was produced by the recombination of HAdV-11 and HAdV-14, and its biological characteristics need to be further studied.
【作者單位】： 衛(wèi)生部腸道病原微生物重點實驗室江蘇省疾病預防控制中心;
【基金】：國家自然科學基金項目(No.81501785) 江蘇省自然科學基金項目(No.BK20141030) 江蘇省重大新發(fā)傳染病綜合防控科技示范工程項目(No.BE2015714)
【分類號】：R563.1

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