本文選題：龍眼 + 密碼子偏好性��； 參考：《園藝學報》2016年04期

【摘要】：為了解龍眼生長素受體基因TIR1密碼子的使用特性,采用CodonW、SPSS軟件及EMBOSS在線程序分析龍眼TIR1密碼子的偏好性,并分別與龍眼基因組、其他29個物種TIR1以及模式生物基因組進行比較。結果顯示,龍眼TIR1與龍眼基因組的密碼子選擇偏性較弱且較偏好以A/T結尾,而物種間TIR1密碼子選擇偏性則存在一定差異;進化樹分析表明,基于TIR1編碼序列聚類結果比密碼子使用偏性分類結果能更準確地反映物種間的親緣關系;密碼子使用頻率比較結果發(fā)現(xiàn),酵母真核表達系統(tǒng)更適用于龍眼TIR1異源表達試驗,而龍眼TIR1與模式植物基因組之間密碼子使用偏性差異較小,尤其煙草和番茄可能為該基因轉基因研究最為理想的受體。
[Abstract]:In order to understand the characteristics of TIR1 codon of longan auxin receptor gene, the preference of longan TIR1 codon was analyzed by CodonWSS-SPSS software and EMBOSS online program, and compared with that of longan genome, TIR1 of other 29 species and model organism, respectively. The results showed that the codon selection bias of longan TIR1 and longan genome was weaker and preferred to end at the end of A / T, but there were some differences among species in TIR1 codon selection, and phylogenetic tree analysis showed that, The clustering results based on TIR1 coding sequence were more accurate than the results of codon bias classification, and the results of codon frequency comparison showed that the yeast eukaryotic expression system was more suitable for the heterologous expression test of longan TIR1. However, there was little difference in codon usage between longan TIR1 and model plant genomes, especially tobacco and tomato, which may be the most ideal receptor for transgenic study of the gene.
【作者單位】： 福建農(nóng)林大學園藝植物生物工程研究所;
【基金】：國家自然科學基金項目(31201614,31272149) 教育部新教師類博士點基金項目(20123515120008)
【分類號】：S667.2

【參考文獻】

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1 賴瑞聯(lián);林玉玲;賴鐘雄;;龍眼生長素受體基因TIR1的克隆及其與miR393互作關系[J];應用與環(huán)境生物學報;2016年01期

2 常強;蘇明華;吳少華;王偉;李惠華;;氯酸鉀對龍眼成花誘導期葉片和頂芽內(nèi)源激素含量的影響[J];園藝學報;2015年02期

3 宋輝;王鵬飛;馬登超;夏晗;趙傳志;張燁;趙術珍;;蒺藜苜蓿WRKY轉錄因子密碼子使用偏好性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術學報;2015年02期

4 聶江婷;白云鳳;賀飛燕;閆建俊;張維鋒;;籽粒莧丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密碼子偏好性[J];植物學報;2014年06期

5 孫晶;何濤;萬閏蘭;彭小鳳;淳澤;;鐵皮石斛尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(UGP)的密碼子偏好性分析[J];應用與環(huán)境生物學報;2014年05期

6 郭秀麗;王玉;楊路成;丁兆堂;;茶樹CBF1基因密碼子使用特性分析[J];遺傳;2012年12期

7 時慧;王玉;楊路成;丁兆堂;;茶樹抗寒調控轉錄因子ICE1密碼子偏性分析[J];園藝學報;2012年07期

8 李惠華;賴鐘雄;蘇明華;林玉玲;;龍眼TIR1和ABP1基因的克隆及其在體胚發(fā)生過程中的表達分析[J];園藝學報;2012年02期

9 續(xù)晨;蔡小寧;錢保俐;賁愛玲;;葡萄基因組密碼子使用偏好模式研究[J];西北植物學報;2012年02期

10 晁岳恩;吳政卿;楊會民;何寧;楊攀;;11種植物psbA基因的密碼子偏好性及聚類分析[J];核農(nóng)學報;2011年05期

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1 龔蓉;水稻生長素結合蛋白ABP1及生長素受體蛋白TIR1的原核表達與純化[D];湖南農(nóng)業(yè)大學;2010年

【共引文獻】

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1 趙洋;楊培迪;劉振;成楊;楊陽;;13種植物actin基因的密碼子使用特性分析[J];南方農(nóng)業(yè)學報;2016年04期

2 吳彥慶;趙大球;王靜;陶俊;;芍藥查爾酮異構酶基因(CHI)克隆、密碼子偏好性分析以及蛋白結構功能預測[J];華北農(nóng)學報;2016年02期

3 賴瑞聯(lián);林玉玲;鐘春水;賴鐘雄;;龍眼生長素受體基因TIR1密碼子偏好性分析[J];園藝學報;2016年04期

4 李麗莎;李祥龍;周榮艷;李蘭會;;山羊酪氨酸相關蛋白1(TYRP1)基因密碼子偏好性分析[J];貴州農(nóng)業(yè)科學;2016年03期

5 賴瑞聯(lián);林玉玲;賴鐘雄;;龍眼生長素受體基因TIR1的克隆及其與miR393互作關系[J];應用與環(huán)境生物學報;2016年01期

6 羅火林;張亞楠;羅麗萍;熊冬金;楊柏云;;蘭科植物FT基因的密碼子偏性分析[J];分子植物育種;2016年01期

7 賴瑞聯(lián);鐘春水;林玉玲;賴鐘雄;;龍眼生長素受體基因TIR1的克隆及表達分析[J];熱帶作物學報;2016年01期

8 吳彥慶;葛金濤;陶俊;;芍藥AP1(APETALA1)基因密碼子使用的偏好性分析[J];湖南農(nóng)業(yè)大學學報(自然科學版);2015年06期

9 羅洪;胡莎莎;吳琦;姚慧鵬;;甜蕎葉綠體基因密碼子偏愛性分析[J];基因組學與應用生物學;2015年11期

10 賀飛燕;施俊鳳;閆建俊;聶江婷;馮瑞云;張維鋒;白云鳳;;籽粒莧優(yōu)異性狀相關基因的發(fā)掘利用研究進展[J];中國農(nóng)學通報;2015年27期

【二級參考文獻】

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1 曹紅利;岳川;周艷華;王璐;郝心愿;曾建明;楊亞軍;王新超;;茶樹生長素受體基因CsTIR1的克隆與表達分析[J];茶葉科學;2015年01期

2 潘磊;曾文芳;牛良;魯振華;崔國朝;王志強;;桃生長素酰胺水解酶基因家族序列特征及其表達分析[J];園藝學報;2015年02期

3 唐壯;杜偉;李小玉;程嘉翎;;桑樹TIR1基因的克隆及在組織器官和扦插生根過程的表達分析[J];蠶業(yè)科學;2014年05期

4 徐偉榮;張寧波;王振平;;歐洲葡萄堿性螺旋-環(huán)-螺旋(bHLH)基因家族密碼子使用偏性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術學報;2014年04期

5 田奇琳;林玉玲;賴鐘雄;王天池;;龍眼胚性愈傷組織DlRan3A和DlRan3B基因啟動子的克隆及其生物信息學分析[J];熱帶作物學報;2014年01期

6 宋輝;南志標;;蒺藜苜蓿全基因組中WRKY轉錄因子的鑒定與分析[J];遺傳;2014年02期

7 吳正常;王靖;趙喬輝;朱世平;訾臣;吳圣龍;包文斌;;豬脂多糖結合蛋白基因(LBP)的密碼子偏好性分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術學報;2013年10期

8 杜西河;許為鋼;胡琳;張磊;李艷;齊學禮;王會偉;王玉民;;轉ZmPEPC與ZmPPDK基因擬南芥對干旱脅迫的反應[J];分子植物育種;2013年04期

9 王麗;陳耀鋒;張月琴;楊德勇;王娜;;低溫與植物生長調節(jié)劑預處理對小麥成熟胚培養(yǎng)特性的影響[J];西北植物學報;2013年05期

10 郭秀麗;王玉;楊路成;丁兆堂;;茶樹CBF1基因密碼子使用特性分析[J];遺傳;2012年12期

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1 黃惠芳,莊永龍,陳禮明,林魯萍,馬飛,許曉風;基于密碼子與互補密碼子使用的進化樹的重構(英文)[J];安徽農(nóng)業(yè)大學學報;2005年03期

2 梁菲菲;;雞七號染色體上的最優(yōu)密碼子[J];畜牧與飼料科學;2012年07期

3 李順成;龐有志;;一些蛋白質中氨基酸相對含量與相應密碼子數(shù)的關系[J];豫西農(nóng)專學報;1986年01期

4 侯卓成,楊寧;影響鏈球菌屬肺炎球菌基因組密碼子使用的因素分析[J];遺傳學報;2002年08期

5 馬飛,武耀廷,許曉風;遺傳密碼子和氨基酸若干物理化學特性的相關性研究[J];安徽農(nóng)業(yè)大學學報;2003年04期

6 趙勝;張琴;陳智華;趙益新;鐘金城;;影響鼻疽伯克霍爾德氏菌基因組密碼子用法的因素分析(英文)[J];遺傳學報;2007年04期

7 梁菲菲;;密碼子偏性的影響因素及研究意義[J];畜牧與飼料科學;2010年01期

8 周猛;童春發(fā);施季森;;楊樹派間不同種的遺傳密碼子使用頻率分析(英文)[J];遺傳學報;2007年06期

9 王志堅;王芳平;方玉田;李宏;;大腸桿菌基因中密碼對使用的規(guī)律[J];基因組學與應用生物學;2010年05期

10 肖敬平;遺傳密碼子和均一手性的起源問題[J];華南農(nóng)業(yè)大學學報;1999年04期

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1 張光亞;劉桂蘭;方柏山;;敏捷氣熱菌(Aeropyrum pernix)基因組密碼子使用偏好分析[A];華東六省一市生物化學與分子生物學會2003年學術交流會論文摘要集[C];2003年

2 趙勝;張琴;陳智華;趙益新;鐘金城;;影響鼻疽伯克霍爾德氏菌基因組密碼子用法的因素分析[A];中國遺傳學會功能基因組學研討會論文集[C];2006年

3 孫錚;馬亮;MURPHY Robert W.;張憲省;黃大衛(wèi);;Wolbachia pipientis wMel基因組水平上的密碼子使用分析[A];第3屆全國人畜共患病學術研討會論文集[C];2011年

4 逯凱;張燦;劉文華;鄒玲;任慧英;;多價噬菌體Bp7尾絲蛋白gp37基因密碼子用法分析[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜傳染病學分會第八屆全國會員代表大會暨第十五次學術研討會論文集[C];2013年

5 李鼎立;宋健坤;王然;;不同種類梨密碼子用法的初步分析[A];梨科研與生產(chǎn)進展（五）[C];2011年

6 胡秀珍;黃延昭;肖奕;;密碼子上下文關聯(lián)與蛋白質結構[A];第九次全國生物物理大會學術會議論文摘要集[C];2002年

7 鄭潔;謝曉紅;張明;易軍;雷岷;任永軍;鄺良德;李叢艷;郭志強;黃鄧萍;張翔宇;;bIFN-τ和bIFN-τ-His_6成熟蛋白的密碼子偏愛性分析[A];第十二次全國畜禽遺傳標記研討會論文集[C];2010年

8 趙洋;劉振;楊培迪;成楊;楊陽;;茶樹肌動蛋白基因密碼子偏性分析[A];第十六屆中國科協(xié)年會——分12茶學青年科學家論壇論文集[C];2014年

9 逯曉波;蔡原;安春麗;靳翠紅;劉秋芳;;建立研究ERCC1密碼子118單核苷酸多態(tài)性的細胞轉染模型[A];中國環(huán)境誘變劑學會第14屆學術交流會議論文集[C];2009年

10 董捷;黃騰;蘇建國;汪亞平;;草魚密碼子簡并性的研究[A];中國動物遺傳育種研究進展——第十五次全國動物遺傳育種學術討論會論文集[C];2009年

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1 劉霞;英將自然界中不存在的氨基酸加入線蟲體內(nèi)[N];科技日報;2011年

2 記者 常麗君;美科學家為一種細菌重編基因組密碼[N];科技日報;2013年

3 李靜;“遺傳、變異及進化”重難點辨析[N];山西科技報;2003年

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3 張屹;氨基酸與密碼子的進化及其相關問題的研究[D];大連理工大學;2007年

4 朱平;基于代數(shù)理論方法的基因編碼研究[D];江南大學;2008年

5 周童;支持向量機及密碼子偏性在序列識別中的應用[D];東南大學;2006年

6 申小娟;蛋白質對稱結構及其形成機制[D];中國科學院深圳先進技術研究院;2013年

7 孫錚;昆蟲基因組密碼子使用及進化分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學;2009年

8 江月;桿狀病毒的分子進化及密碼子偏性研究[D];中國科學院研究生院（武漢病毒研究所）;2007年

9 張岳民;基于全基因組的玉米LBD轉錄因子家族分析及密碼子使用模式分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學;2014年

10 李文成;天藍色鏈霉菌nsdA基因的研究及TTA密碼子的生物信息學分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學;2007年

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1 張曉婧;LEA基因分類、密碼子偏性及其抗旱性的生物信息學分析[D];新疆師范大學;2015年

2 周慧琦;基因組GC含量與堿基、密碼子和氨基酸使用偏好的關系[D];電子科技大學;2014年

3 李永香;同義密碼子重復序列中密碼子的使用與比較[D];內(nèi)蒙古大學;2005年

4 趙國焓;密碼子位點特征初步研究和組蛋白基因進化動力學比較[D];南京師范大學;2007年

5 郁鋒;耐熱堿性磷酸酶耐熱機理研究和互補密碼子使用關系探討[D];南京師范大學;2003年

6 程珊珊;基于密碼子偏性和分枝聚類的密碼子置換模型的統(tǒng)計推斷[D];南京航空航天大學;2012年

7 杜丹;結構對稱蛋白的密碼子序列研究[D];華中科技大學;2011年

8 黃惠芳;疾病相關的選擇性剪接基因與密碼子和互補密碼子的生物信息學分析[D];廈門大學;2006年

9 曹致琦;果蠅基因組中內(nèi)含子數(shù)目與密碼子使用偏性的關系[D];西南大學;2007年

10 劉慧;基于殘基相似性和位置差異的密碼子置換模型及其應用[D];南京航空航天大學;2012年

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本文編號：1967256