天堂国产午夜亚洲专区-少妇人妻综合久久蜜臀-国产成人户外露出视频在线-国产91传媒一区二区三区

當前位置:主頁 > 科技論文 > 基因論文 >

基于TCGA數(shù)據(jù)庫挖掘肺腺癌預后相關的甲基化位點和基因

發(fā)布時間:2018-06-01 23:08

  本文選題:肺腺癌 + TCGA ; 參考:《南京醫(yī)科大學學報(自然科學版)》2016年06期


【摘要】:目的 :通過對TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)挖掘,掃描全基因組范圍內的肺腺癌預后相關的甲基化位點。方法:采用2016年4月從TCGA網站下載的肺腺癌預后數(shù)據(jù)及基于Illumina Methylation 450芯片的全基因組甲基化數(shù)據(jù),經過數(shù)據(jù)連接,納入同時有臨床預后信息和甲基化數(shù)據(jù)的肺腺癌患者232例。采用Cox比例風險模型分析各位點甲基化水平對肺腺癌總生存率的影響,并評估其與對應基因m RNA表達的相關性,進一步評估m(xù) RNA表達對肺腺癌預后的影響。結果:納入的232例肺腺癌患者的平均年齡為(64.823±9.300)歲,平均生存時間為(20.217±17.067)個月。本研究發(fā)現(xiàn)肺腺癌預后相關最顯著的甲基化位點為位于基因EHBP1區(qū)域的cg03955927(P=1.98×10-7),對應的HR值及95%可信區(qū)間為0.605(0.501~0.731)。篩選的肺腺癌預后關聯(lián)性最強的前20個甲基化位點中,17個位點的高甲基化水平為肺腺癌預后的保護因素,其他3個為危險因素。5個甲基化位點的甲基化水平與對應基因的m RNA表達相關,其中cg12013757對應的KRI1基因的m RNA表達與肺腺癌的預后有關(HR:1.316,95%CI:1.109~1.561,P=0.001 6)。結論 :本研究通過對TCGA數(shù)據(jù)庫的挖掘,初步發(fā)現(xiàn)KRI1基因的甲基化位點的甲基化水平對肺腺癌的預后有影響,可以作為為肺癌預后的生物標志物進一步研究。
[Abstract]:Aim: to scan the genome-wide prognostic methylation sites of lung adenocarcinoma by mining data from TCGA(The Cancer Genome Atlas) database. Methods: the prognosis data of lung adenocarcinoma and the whole genome methylation data based on Illumina Methylation 450 chip were downloaded from TCGA website in April 2016. The data were connected to the data and included in 232 patients with lung adenocarcinoma with clinical prognosis information and methylation data. Cox proportional risk model was used to analyze the effect of point methylation level on the overall survival rate of lung adenocarcinoma, and to evaluate the correlation between the expression of m RNA and the expression of corresponding gene m RNA, and to further evaluate the influence of m RNA expression on the prognosis of lung adenocarcinoma. Results: the mean age of 232 patients with lung adenocarcinoma was 64.823 鹵9.300 years old and the mean survival time was 20.217 鹵17.067 months. In this study, we found that the most significant methylation site associated with prognosis of lung adenocarcinoma was cg03955927(P=1.98 脳 10-7 located in the region of gene EHBP1, and the corresponding HR value and 95% confidence interval were 0.605 / 0.501 / 0.731g. The hypermethylation level of 17 of the top 20 methylation sites in the selected lung adenocarcinoma was the protective factor for the prognosis of lung adenocarcinoma. The other three were risk factors. The methylation level of 5 methylation sites was correlated with the expression of m RNA of the corresponding gene. The m RNA expression of KRI1 gene corresponding to cg12013757 was related to the prognosis of lung adenocarcinoma. Conclusion: the methylation level of the methylation site of KRI1 gene has an effect on the prognosis of lung adenocarcinoma, and it can be used as a biomarker for the prognosis of lung cancer.
【作者單位】: 華中科技大學同濟醫(yī)學院公共衛(wèi)生學院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學系;
【基金】:國家自然科學基金(81172754)
【分類號】:R734.2

【參考文獻】

相關期刊論文 前2條

1 桂珍;嚴楓;;UHRF1在表觀遺傳調控和腫瘤診治中的研究進展[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2016年02期

2 夏寧;張宇;郝可可;侯志波;;血清腫瘤標志物聯(lián)合檢測診斷肺癌的臨床應用研究[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2015年12期

【共引文獻】

相關期刊論文 前3條

1 邱奕雁;朱峰;夏小龍;張小騫;陳揚;楊欣建;;基于CRISPR/Cas9系統(tǒng)的豬內皮細胞UHRF1定向編輯及其對單核細胞趨化蛋白-1影響的研究[J];臨床和實驗醫(yī)學雜志;2016年15期

2 邵杰;楊玉東;樊建勇;焦婕英;劉娟;李新紅;秦燕;許群濤;劉承潔;;CA-125、CYFRA21-1、NSE在肺癌臨床診斷中的應用及評價[J];現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學;2016年16期

3 王可;趙榮仙;楊素蓮;孟瑜;魏晟;;基于TCGA數(shù)據(jù)庫挖掘肺腺癌預后相關的甲基化位點和基因[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2016年06期

【二級參考文獻】

相關期刊論文 前8條

1 俞龍;謝利軍;金琳羚;王虹;解衛(wèi)平;陳亮;駱金華;張智弘;;84例女性原發(fā)性支氣管肺癌臨床分析[J];南京醫(yī)科大學學報(自然科學版);2013年08期

2 邵麗佳;周碧芳;嚴楓;;hUHRF1基因對人腫瘤SKOV-3細胞增殖和凋亡的影響[J];中華實驗外科雜志;2012年08期

3 金鑫;;聯(lián)合檢測血清標志物CYFRA21-1、NSE、CEA對肺癌的鑒別診斷意義[J];中國臨床研究;2011年06期

4 彭紅;馬美麗;韓寶惠;;1,742例Ⅳ期非小細胞肺癌的預后分析[J];中國肺癌雜志;2011年04期

5 王紀文;高佳;赫捷;;ProGRP與NSE對小細胞肺癌診斷價值的meta分析[J];中國肺癌雜志;2010年12期

6 谷俊東;王新卓;趙輝;朱思偉;溫燕軍;許洪瑞;李莉;陳軍;周清華;;腫瘤標志物CYFRA21-1在非小細胞肺癌診斷中的價值[J];中國肺癌雜志;2010年12期

7 馮香梅;王國慶;陳瑛;王蓉;谷雅君;劉運德;;血清腫瘤標志物在肺癌診斷中的應用價值[J];中國腫瘤臨床;2010年06期

8 趙明;季曉鵬;劉暉;宋華;李會軍;鄭萍;;血清CEA、NSE及CYFRA21-1聯(lián)檢對肺癌診斷的臨床價值[J];放射免疫學雜志;2010年01期

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 常秀青 ,Tony Sheldon;低焦油含量香煙與肺腺癌發(fā)病率上升有關[J];英國醫(yī)學雜志(中文版);2002年01期

2 鄧小梅,何權瀛;細支氣管肺泡細胞癌與其他類型肺腺癌的對比分析[J];中國呼吸與危重監(jiān)護雜志;2005年03期

3 楊長青;王蓮芳;;飛行人員右肺腺癌1例[J];海軍醫(yī)學雜志;2006年04期

4 陳小兵;閆明;羅素霞;李寧;鄒宏志;韓黎麗;;84例青年肺腺癌早期誤診原因分析[J];實用診斷與治療雜志;2007年09期

5 陳小兵;閆明;曾軍杰;羅素霞;;青年女性肺腺癌首發(fā)癥狀及早期誤診原因分析[J];中國現(xiàn)代醫(yī)生;2009年06期

6 周琪;段亮;姜格寧;丁嘉安;;青年男性肺腺癌臨床特征對預后的影響[J];中國癌癥雜志;2009年08期

7 張文麗;;以高熱為首發(fā)癥狀的肺腺癌病例并文獻復習[J];甘肅醫(yī)藥;2013年07期

8 郭哲;肺腺癌病人的預防性頭顱照射[J];國外醫(yī)學(腫瘤學分冊);1988年06期

9 劉福升,李險峰,楊愛民,王彤;肺腺癌誤診肺結核16例分析[J];中國防癆雜志;1994年01期

10 余偉江;放療及合并化療治療Ⅲ期肺腺癌療效分析[J];腫瘤防治研究;1994年04期

相關會議論文 前10條

1 孫強;顧春東;雷霆;王金;李錦繡;;浸潤性周圍型小肺腺癌(≤2cm)不同病理亞型的比較[A];第13屆全國肺癌學術大會論文匯編[C];2013年

2 袁明遠;;周圍型肺腺癌病灶的放射學分類及其臨床價值[A];中華醫(yī)學會第16次全國放射學學術大會論文匯編[C];2009年

3 顧國浩;;生物芯片在肺腺癌診斷中的應用進展[A];中華醫(yī)學會第八次全國檢驗醫(yī)學學術會議暨中華醫(yī)學會檢驗分會成立30周年慶典大會資料匯編[C];2009年

4 林嘉穎;吳一龍;楊學寧;喬貴賓;王坤;陳剛;;不同預后的肺腺癌患者酪氨酸激酶信號傳導通路異常的初步探討[A];第三屆中國腫瘤學術大會教育論文集[C];2004年

5 湯秀英;吳立紅;張燁;;肺腺癌的超微觀察及異質性探討[A];第八次全國電子顯微學會議論文摘要集(Ⅰ)[C];1994年

6 徐芝君;應可凈;;胸部CT基本正常肺腺癌伴慢性DIC一例并文獻復習[A];浙江省醫(yī)學會呼吸系病分會成立三十周年慶典活動暨2008年呼吸病學學術年會論文匯編[C];2008年

7 邵艷;洪偉俊;寧允葉;胥武劍;李強;;肺腺癌惡性轉化相關蛋白的初步篩查[A];中華醫(yī)學會呼吸病學年會——2011(第十二次全國呼吸病學學術會議)論文匯編[C];2011年

8 王恩華;;解讀及評價國際多學科肺腺癌分類[A];2012年浙江省病理學學術年會論文集[C];2012年

9 宋正波;朱慧能;郭振英;吳偉;孫文勇;張沂平;;肺腺癌新分類在預測Ⅰ期非小細胞肺腺癌預后中的價值[A];第13屆全國肺癌學術大會論文匯編[C];2013年

10 趙燕妮;曹菊;牟向東;闕呈立;;肺腺癌影像反復波動病例報告一例并文獻復習[A];中華醫(yī)學會呼吸病學年會——2013第十四次全國呼吸病學學術會議論文匯編[C];2013年

相關重要報紙文章 前8條

1 丁香;日發(fā)現(xiàn)肺腺癌的預測因子[N];中國醫(yī)藥報;2007年

2 仇逸邋孫國根;吸煙丈夫的妻子,患肺腺癌風險高[N];新華每日電訊;2007年

3 曾理;肺腺癌早診研究關注“起源”[N];健康報;2008年

4 記者 李天舒 胡德榮;為何不吸煙者也患肺癌[N];健康報;2010年

5 記者 胡德榮;非吸煙肺腺癌人群致癌基因突變譜建立[N];健康報;2011年

6 高原;或與MiR-21分子有關[N];廣東科技報;2009年

7 海飛魚;探索肺癌突變基因[N];醫(yī)藥經濟報;2008年

8 健康時報記者 王志勝;一樣的腫瘤,不一樣治法[N];健康時報;2009年

相關博士學位論文 前10條

1 孫正亮;肺腺癌的分子分型特征及其與病理分型的關聯(lián)研究[D];復旦大學;2014年

2 楊欣;肺腺癌預后相關的臨床病理因素分析及分子病理研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2014年

3 鄭華;篩選肺腺癌相關血清自身抗體標志物[D];北京市結核病胸部腫瘤研究所;2010年

4 張揚;肺腺癌致癌基因突變研究[D];復旦大學;2013年

5 張麗;基于IASLC/ATS/ERS國際多學科新分類的肺腺癌影像學及相關研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2014年

6 楊繼要;肺腺癌腫瘤相關抗原的篩選鑒定及克隆表達[D];鄭州大學;2006年

7 何萍;染色體15q25.1區(qū)域基因多態(tài)性與中國南方人群肺腺癌易感性的關聯(lián)研究[D];南方醫(yī)科大學;2014年

8 李亞光;PI3K-Akt通路與肺腺癌術后患者預后的相關性研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學院;2012年

9 趙偉鵬;肺腺癌淋巴管生成相關基因的篩選和初步鑒定[D];第三軍醫(yī)大學;2009年

10 劉亞嵐;水通道蛋白3在人體多種器官正常和癌組織中的表達及意義[D];中國醫(yī)科大學;2007年

相關碩士學位論文 前10條

1 蘇帆;rhPDCD5蛋白對肺腺癌A549細胞化療作用的研究[D];石河子大學;2015年

2 卜靜;順鉑聯(lián)合雷帕霉素、3-MA對肺腺癌A549細胞及其裸鼠原位移植瘤的影響[D];河北醫(yī)科大學;2015年

3 韓承剛;寶石CT灌注成像在肺腺癌生物治療療效評價中的應用價值[D];山西醫(yī)科大學;2015年

4 展峰峰;肺腺癌患者組織中EML4-ALK融合基因與TYMS mRNA表達的關系[D];山西醫(yī)科大學;2015年

5 趙玉澤;Ago2蛋白在EGFR突變的肺腺癌患者中的表達及臨床意義[D];山西醫(yī)科大學;2015年

6 孫天宇;轉錄輔助因子4過表達與肺腺癌淋巴轉移和預后的相關性[D];第三軍醫(yī)大學;2015年

7 崔巍;肺腺癌患者外周血IL-17A~+T細胞和相關細胞因子檢測及意義[D];浙江大學;2015年

8 趙鳳芝;bFGF單抗聯(lián)合Lobaplatin抑制肺腺癌細胞增殖、轉移和誘導凋亡的機制研究[D];暨南大學;2015年

9 邊猛;溫通法聯(lián)合化療對EGFR-TKIs耐藥后的脾腎陽虛型肺腺癌患者的臨床療效觀察[D];河南中醫(yī)學院;2015年

10 高正亞;Ⅰ期肺腺癌患者外周血和淋巴結中CK19及LUNX mRNA的表達與微轉移的相關性研究[D];蘇州大學;2015年



本文編號:1966106

資料下載
論文發(fā)表

本文鏈接:http://www.sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/1966106.html


Copyright(c)文論論文網All Rights Reserved | 網站地圖 |

版權申明:資料由用戶6be46***提供,本站僅收錄摘要或目錄,作者需要刪除請E-mail郵箱bigeng88@qq.com