本文選題：肺腺癌 + TCGA　； 參考：《南京醫(yī)科大學學報(自然科學版)》2016年06期

【摘要】：目的 :通過對TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)挖掘,掃描全基因組范圍內的肺腺癌預后相關的甲基化位點。方法:采用2016年4月從TCGA網站下載的肺腺癌預后數(shù)據(jù)及基于Illumina Methylation 450芯片的全基因組甲基化數(shù)據(jù),經過數(shù)據(jù)連接,納入同時有臨床預后信息和甲基化數(shù)據(jù)的肺腺癌患者232例。采用Cox比例風險模型分析各位點甲基化水平對肺腺癌總生存率的影響,并評估其與對應基因m RNA表達的相關性,進一步評估m(xù) RNA表達對肺腺癌預后的影響。結果:納入的232例肺腺癌患者的平均年齡為(64.823±9.300)歲,平均生存時間為(20.217±17.067)個月。本研究發(fā)現(xiàn)肺腺癌預后相關最顯著的甲基化位點為位于基因EHBP1區(qū)域的cg03955927(P=1.98×10-7),對應的HR值及95%可信區(qū)間為0.605(0.501~0.731)。篩選的肺腺癌預后關聯(lián)性最強的前20個甲基化位點中,17個位點的高甲基化水平為肺腺癌預后的保護因素,其他3個為危險因素。5個甲基化位點的甲基化水平與對應基因的m RNA表達相關,其中cg12013757對應的KRI1基因的m RNA表達與肺腺癌的預后有關(HR:1.316,95%CI:1.109~1.561,P=0.001 6)。結論 :本研究通過對TCGA數(shù)據(jù)庫的挖掘,初步發(fā)現(xiàn)KRI1基因的甲基化位點的甲基化水平對肺腺癌的預后有影響,可以作為為肺癌預后的生物標志物進一步研究。
[Abstract]:Aim: to scan the genome-wide prognostic methylation sites of lung adenocarcinoma by mining data from TCGA(The Cancer Genome Atlas) database. Methods: the prognosis data of lung adenocarcinoma and the whole genome methylation data based on Illumina Methylation 450 chip were downloaded from TCGA website in April 2016. The data were connected to the data and included in 232 patients with lung adenocarcinoma with clinical prognosis information and methylation data. Cox proportional risk model was used to analyze the effect of point methylation level on the overall survival rate of lung adenocarcinoma, and to evaluate the correlation between the expression of m RNA and the expression of corresponding gene m RNA, and to further evaluate the influence of m RNA expression on the prognosis of lung adenocarcinoma. Results: the mean age of 232 patients with lung adenocarcinoma was 64.823 鹵9.300 years old and the mean survival time was 20.217 鹵17.067 months. In this study, we found that the most significant methylation site associated with prognosis of lung adenocarcinoma was cg03955927(P=1.98 脳 10-7 located in the region of gene EHBP1, and the corresponding HR value and 95% confidence interval were 0.605 / 0.501 / 0.731g. The hypermethylation level of 17 of the top 20 methylation sites in the selected lung adenocarcinoma was the protective factor for the prognosis of lung adenocarcinoma. The other three were risk factors. The methylation level of 5 methylation sites was correlated with the expression of m RNA of the corresponding gene. The m RNA expression of KRI1 gene corresponding to cg12013757 was related to the prognosis of lung adenocarcinoma. Conclusion: the methylation level of the methylation site of KRI1 gene has an effect on the prognosis of lung adenocarcinoma, and it can be used as a biomarker for the prognosis of lung cancer.
【作者單位】： 華中科技大學同濟醫(yī)學院公共衛(wèi)生學院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學系;
【基金】：國家自然科學基金(81172754)
【分類號】：R734.2

【參考文獻】

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本文編號：1966106