本文選題：馬氏珠母貝 + 三角帆蚌��； 參考：《廣東海洋大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：冠蚌(Cristaria plicata)分別是我國(guó)重要的海水和淡水珍珠生產(chǎn)物種,對(duì)比分析由環(huán)境差異而導(dǎo)致的礦化和免疫機(jī)制的異同,可以豐富相關(guān)領(lǐng)域的基礎(chǔ)研究資料,也可為珍珠生產(chǎn)提供理論指導(dǎo)。本實(shí)驗(yàn)利用Illumina Hiseq平臺(tái)構(gòu)建了兩種淡水蚌的外套膜轉(zhuǎn)錄組文庫(kù),結(jié)合馬氏珠母貝已有的外套膜轉(zhuǎn)錄組和全基因組數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)比分析與貝類礦化和免疫機(jī)制相關(guān)的基因,并篩選部分高表達(dá)基因進(jìn)行定量驗(yàn)證,克隆和功能分析。主要結(jié)果如下:(1)三角帆蚌和褶紋冠蚌礦化和免疫相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄組分析:利用外套膜轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù),在三角帆蚌中組裝并去冗余后得到47,722個(gè)Unigenes;在褶紋冠蚌中得到66,072個(gè)Unigenes。利用馬氏珠母貝已經(jīng)確定的外套膜差異表達(dá)的礦化基因集,篩選三角帆蚌和褶紋冠蚌中的同源基因,其中包括含有VWA結(jié)構(gòu)域的蛋白(VWA-containing protein)、幾丁質(zhì)酶(chitinase)、幾丁質(zhì)合成酶(chitin synthase)、酪氨酸酶(tyrosinase)等。結(jié)果顯示,三角帆蚌中相關(guān)的差異表達(dá)unigenes有85個(gè),在褶紋冠蚌中有 119 個(gè)(|log2FoldChange (RMO/RMC) |"g2, FDR"f0.05)。篩選出與免疫相關(guān)的差異表達(dá)基因有 Histone H3、Histone H4、Histone acetyltransferase(HAT)和 Histonedeacetylase (HDAC) (|log2FoldChange (RMO/RMC) |"g2, FDR"f0.05)。并對(duì)三個(gè)物種中 VWA-containing protein、chitin synthase 和 tyrosinase 基因的各 2 條序列進(jìn)行表達(dá)量驗(yàn)證,結(jié)果顯示熒光定量PCR結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)相一致。(2)三個(gè)物種外套膜礦化相關(guān)差異表達(dá)基因和通路篩選及驗(yàn)證:根據(jù)|log2FoldChange (RMO/RMC) |"g5, Pvalue"f0.05, FDR"f0.05 的標(biāo)準(zhǔn)篩選三個(gè)物種邊緣膜和中央膜的高表達(dá)基因。其中,邊緣膜高表達(dá)基因馬氏珠母貝中有91個(gè),三角帆蚌中有286個(gè),褶紋冠蚌中有165個(gè);中央膜高表達(dá)基因馬氏珠母貝中有20個(gè),三角帆蚌中有43個(gè),褶紋冠蚌中有84個(gè)。本文選取wingless-type MMTV integration site family, member 7 (Wnt)和Mucin基因進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證,結(jié)果顯示熒光定量PCR結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組結(jié)果一致。對(duì)三個(gè)物種外套膜差異表達(dá)基因分別進(jìn)行KEGG通路富集分析,比較后篩選出Hedgehog signaling pathway (Pvalue"f0.01)為主要研究對(duì)象,馬氏珠母貝中參與此通路的基因有25個(gè),三角帆蚌中有25個(gè),褶紋冠蚌中有26個(gè),對(duì)hedgehog interacting protein進(jìn)行熒光定量驗(yàn)證,基因表達(dá)趨勢(shì)與轉(zhuǎn)錄組相吻合。(3)三個(gè)物種外套膜免疫相關(guān)差異表達(dá)基因的克隆及功能驗(yàn)證:篩選三個(gè)物種組蛋白及乙�；揎椣嚓P(guān)基因,利用RACE技術(shù)獲得馬氏珠母貝中PmH3、PmH4-1、PmH4-2、PmHAT、PmHDAC-1和PmHDAC-2的全長(zhǎng)分別為627bp、556 bp、599bp、2025 bp、2143 bp、887 bp,各自編碼氨基酸 136 個(gè)、115 個(gè)、113 個(gè)、491 個(gè)、479個(gè)、154個(gè);三角帆蚌和褶紋冠蚌中未克隆出完整基因序列。利用LPS刺激后,PmH3、PmH4-2、PmHAT、PmHDAC-1和PmHDAC12的相對(duì)表達(dá)量都發(fā)生顯著變化,其中PmH3、PmH4-2、PmHAT的相對(duì)表達(dá)量和酶活力在刺激后12小時(shí)出現(xiàn)顯著上升趨勢(shì)(P0.05),和PmHDAC-1和PmHDAC-2在刺激后6小時(shí)就出現(xiàn)了顯著上升趨勢(shì)(P0.05),而PmH4-1的相對(duì)表達(dá)量不顯著,這些實(shí)驗(yàn)結(jié)果可以初步推測(cè)PmH3、PmH4-2、PmHAT、PmHDAC-1和PmHDAC-2與機(jī)體的免疫反應(yīng)息息相關(guān)。
[Abstract]:In this experiment , we used Illumina Hiseq platform to study the genes related to the mineralization and immune mechanism of Hyriopsis cumingii . In this paper , the expression of VWA - containing protein , mRNA synthase and gene in three species was verified . The results showed that the fluorescence quantitative PCR results were consistent with the data of transcriptome . ( 3 ) Cloning and functional verification of differentially expressed genes in three species were screened : three species histone and acetylated modified related genes were screened . The relative expression levels of the two genes were 627bp , 556 bp , 599bp , 2025 bp , 2143 bp and 887 bp , respectively .
【學(xué)位授予單位】：廣東海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S917.4

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1908556