楊樹SABP2基因的克隆與分析
本文選題:K楊 + 水楊酸結(jié)合蛋白(SABP)基因; 參考:《西北農(nóng)林科技大學學報(自然科學版)》2017年03期
【摘要】:【目的】克隆84K楊水楊酸結(jié)合蛋白2(Salicylic acid-binding protein 2,SABP2)基因并預測其功能!痉椒ā恳陨L至5片小葉的84K楊組培苗為材料,提取其葉和莖的總RNA。根據(jù)毛果楊SABP2基因(GenBank序列號:XM_002310718.2)的完整CDs序列,設計84K楊SABP2基因的引物,采用RT-PCR技術(shù)擴增84K楊SABP2基因全長,然后連接到pGM-T克隆載體,轉(zhuǎn)化大腸桿菌TOP10感受態(tài)細胞,對84K楊SABP2基因進行克隆,獲得該基因的全長序列。通過各種在線軟件對84K楊SABP2基因及其編碼的蛋白質(zhì)進行生物信息學分析。【結(jié)果】84K楊基因的cDNA序列全長822bp,開放閱讀框789bp,編碼263個氨基酸。生物信息學分析表明,84K楊SABP2與毛白楊SABP2(GenBank序列號:JQ086570.1)的同源性最高,達98%;84K楊SABP2基因位于微體中;SABP2蛋白有11個蛋白質(zhì)結(jié)合位點,屬于α/β折疊水解酶家庭成員中的酯酶,為親水性蛋白!窘Y(jié)論】成功克隆了84K楊的SABP2基因,其功能與前人對草本植物中SABP2部分功能的研究結(jié)果一致。
[Abstract]:[objective] to clone and predict the function of 84K poplar salicylic acid binding protein (2(Salicylic acid-binding protein _ 2) SABP2. [methods] Total RNAs of leaves and stems of 84K poplar were extracted from 84 K poplar plantlets grown to 5 leaves. According to the complete CDs sequence of SABP2 gene of Populus tomentosa (GenBank sequence number: XM002310718.2), the primers of SABP2 gene of 84K poplar were designed, the whole length of SABP2 gene of 84K poplar was amplified by RT-PCR technique, then ligated to pGM-T clone vector, and transformed into E. coli TOP10 receptive cells. The SABP2 gene of 84 K poplar was cloned and its full length sequence was obtained. Bioinformatics analysis of the SABP2 gene and its encoded protein of 84K poplar was carried out by various online software. [results] the cDNA sequence of the 84K poplar gene was 822 BP, and the open reading frame 789 BP encoded 263 amino acids. Bioinformatics analysis showed that SABP2 and SABP2(GenBank had the highest homology. The SABP2 gene of Poplar 9884K had 11 protein binding sites in the microbody and belonged to the esterase of 偽 / 尾 folding hydrolase family. [conclusion] the SABP2 gene of poplar 84K was cloned successfully, and its function was consistent with the previous studies on the partial function of SABP2 in herbaceous plants.
【作者單位】: 中國林業(yè)科學研究院森林生態(tài)環(huán)境與保護研究所國家林業(yè)局森林保護學重點實驗室;南京林業(yè)大學南方現(xiàn)代林業(yè)協(xié)同創(chuàng)新中心;河南師范大學生命科學學院;中國林業(yè)科學研究院林業(yè)新技術(shù)研究所;
【基金】:中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務費專項資金項目(CAFYBB2016SY037)
【分類號】:S792.11
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,本文編號:1905050
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