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陸地棉HB紅花近等基因系差異表達基因分析

發(fā)布時間:2018-04-14 04:14

  本文選題:棉花 + HB紅花性狀 ; 參考:《山東師范大學》2016年碩士論文


【摘要】:HB紅花性狀來源于野生二倍體比克氏棉,陸地棉HB紅花基因被初步定位于7號染色體上。在本研究中,利用SSR分子標記技術對HB紅花基因進行精細定位,基因芯片和蛋白質組學技術也被應用于評估陸地棉HB紅花近等基因系的相關功能。1、利用SSR分子標記技術,對HB紅花基因進行精細定位。根據(jù)近等基因系與輪回親本基因表達模式的差異,最終得到了5對差異引物,分別為A07-0646、A07-0592、A07-0594、CH07-44、CH07-53,并構建了一個全長81.8cM的連鎖群,成功將HB紅花基因定位于A07-0592與A07-0594之間,與它們的遺傳距離分別是7.9cM和37.6cM。對比目前已有的陸地棉基因組測序信息,A07-0592和A07-0594之間物理距離為33Kb,包含21個基因,其中大于400bp的基因有4個,分別為MT-A70家族蛋白甲基轉移酶、谷胱甘肽轉移酶、類谷氨酰胺轉酰胺酶類家族蛋白、八氫番茄紅素合成酶,為下一步克隆重要性狀相關基因并進行功能分析與驗證奠定基礎,為陸地棉種質創(chuàng)新和遺傳改良提供依據(jù)。2、利用棉花全基因組cDNA芯片進行表達差異分析,獲得陸地棉HB紅花近等基因系與輪回親本間明顯差異表達基因80個(表達差異10倍以上),其中上調基因56個、下調基因24個,主要是與代謝和次生代謝調節(jié)相關基因、生物合成、細胞凋亡、信號傳導等有關聯(lián)的cDNAs及某些未知確切功能的基因。利用實時定量PCR技術,對通過基因芯片篩選出的4個明顯差異表達基因進行分析,分析結果進一步明確了相關基因的表達調控規(guī)律,探討紅花性狀形成的因素。3、應用差異蛋白組學方法,對陸地棉HB118與其輪回親本118之間不同器官、不同生育時期的差異表達蛋白進行了研究,檢測出表達豐度上在2倍以上的差異蛋白157個,其中花期葉片差異蛋白57個、絮期葉片差異蛋白56個、花差異蛋白44個,依據(jù)功能分為以下幾類:(1)與碳水化合物代謝相關蛋白;(2)光合作用相關蛋白;(3)細胞骨架結構相關蛋白;(4)細胞防御相關蛋白;(5)轉運相關蛋白;(6)轉錄與翻譯調控蛋白;(7)分子伴侶類蛋白;(8)假定蛋白;(9)其他蛋白。明確了部分相關蛋白質結構、功能及互作網(wǎng)絡集群調控規(guī)律。利用實時定量PCR技術,對通過蛋白質雙向電泳中篩選出的10個差異表達蛋白進行驗證,其主要參與了能量代謝、光合作用、轉錄翻譯等過程,為今后開展蛋白功能方面的進一步研究提供基礎。
[Abstract]:The trait of HB safflower originated from wild diploid Bickler cotton, and the HB gene of Upland cotton was located on chromosome 7.In this study, the SSR molecular marker technique was used to locate the HB gene, the gene chip and proteomics were also used to evaluate the function of the near isogenic line of HB safflower in Upland cotton, and the SSR molecular marker technique was used.The HB gene of safflower was carefully mapped.According to the difference of gene expression patterns between near-isogenic lines and recurrent parents, five pairs of differentially expressed primers were obtained, namely A07-0646, A07-0592, A07-0594, CH07-0594, CH07-4CH07-53, and a linkage group of full-length 81.8cM was constructed. The HB gene was located between A07-0592 and A07-0594.Their genetic distances were 7.9cM and 37.6 cm, respectively.The physical distance between A07-0592 and A07-0594 is 33kb, and contains 21 genes, of which 4 genes are larger than 400bp, which are MT-A70 family protein methyltransferase and glutathione transferase, respectively.Glutamine-like transaminase family proteins, octahydrolycopene synthase, lay the foundation for cloning, functional analysis and verification of genes related to the importance of lycopene.To provide basis for innovation and genetic improvement of upland cotton germplasm, the difference of expression was analyzed by using cotton genome cDNA microarray.A total of 80 differentially expressed genes (more than 10 times of the difference in expression) were obtained, including 56 up-regulated genes and 24 down-regulated genes, which were mainly related to metabolism and secondary metabolism regulation.Biosynthesis, apoptosis, signal transduction and other related cDNAs and some unknown functional genes.The four differentially expressed genes screened by gene chip were analyzed by real-time quantitative PCR. The results further clarified the regulation and regulation of the related genes.The factors of formation of safflower traits. The differential expression proteins between HB118 and their recurrent parents 118 in different organs and different growth stages were studied by differential proteomics.157 differentially expressed proteins were detected, including 57 in florescence leaf, 56 in floc, 44 in flower.According to their functions, they can be divided into the following categories: 1) and carbohydrate metabolism-associated protein 2) photosynthesis-associated protein (P3)) cytoskeleton structure related protein (PIA4)) cell defense related protein (T5) transporter associated protein (FY6)) transcription and translation regulatory protein (F7).Molecular chaperone protein (MCP 8) hypothetical protein 9) other proteins.The structure, function and regulation of some related proteins were clarified.Ten differentially expressed proteins screened by two-dimensional electrophoresis were verified by real-time quantitative PCR, which were mainly involved in energy metabolism, photosynthesis, transcriptional translation and so on.It provides a basis for further research on protein function in the future.
【學位授予單位】:山東師范大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2016
【分類號】:S562

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本文編號:1747657

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