本文關(guān)鍵詞： 隨機(jī)森林算法 宮頸癌 淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移 生物信息學(xué)　出處：《中國生化藥物雜志》2016年04期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的分析與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移最相關(guān)的基因集和基因集中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)性基因,為宮頸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移預(yù)測潛在干預(yù)靶點(diǎn)。方法利用TCGA宮頸癌患者轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集,使用隨機(jī)森林算法對淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移最相關(guān)基因進(jìn)行分析和排名,使用STRING和Cytospace對這些相關(guān)基因進(jìn)行互作網(wǎng)絡(luò)分析,篩選對其他基因具有最廣泛相互作用的基因節(jié)點(diǎn),使用DAVID對這些基因在整體上進(jìn)行功能識別。結(jié)果獲得淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)基因重要性排序(2784個),并獲得其中的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)基因(前13位分別為EGFR,NOTCH1,RHOA),這些基因均與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移顯著相關(guān)(P0.05)。與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移最相關(guān)的基因主要聚集在趨化因子信號通路、MAPK通路、細(xì)胞間相互作用、黏著連接、細(xì)胞骨架調(diào)控、wnt通路等。對這些有意義的宮頸癌轉(zhuǎn)移相關(guān)基因集在統(tǒng)計學(xué)上進(jìn)行了驗(yàn)證,獲得的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)基因如EGFR,NOTCH1,RHOA在臨床水平均已發(fā)現(xiàn)與宮頸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移顯著相關(guān)。結(jié)論隨機(jī)森林算法是一個有效的方法,采用此方法獲得的宮頸癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因集有很大比例與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移顯著相關(guān)。
[Abstract]:Objective to analyze the most relevant gene sets and the key nodal genes in the gene set for predicting potential intervention targets for lymph node metastasis of cervical cancer. Methods the transcriptome data sets of cervical cancer patients with TCGA were used. Random forest algorithm was used to analyze and rank the most relevant genes for lymph node metastasis, and STRING and Cytospace were used to analyze the interaction network of these genes. Screening of gene nodes with the most extensive interaction with other genes. DAVID was used to identify these genes as a whole. Results the sequence of importance of genes associated with lymph node metastasis was obtained (2 784). The key nodal genes were obtained (the first 13 were EGFRN NOTCH1 RHOAA). These genes were significantly correlated with lymph node metastasis (P0.05). The genes most related to lymph node metastasis were mainly located in chemokine signaling pathway, MAPK pathway, intercellular interaction and adhesion. The cytoskeleton regulates the WNT pathway and so on. These significant sets of genes associated with cervical cancer metastasis were statistically verified and the key node genes such as EGFRnNOTCH1 were obtained. RHOA has been found to be significantly associated with cervical cancer lymph node metastasis at the clinical level. Conclusion Stochastic forest algorithm is an effective method. A large proportion of the gene sets associated with cervical cancer metastasis obtained by this method were significantly correlated with lymph node metastasis.
【作者單位】： 河北省唐山市開灤總醫(yī)院婦產(chǎn)科;國家癌癥中心/中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院腫瘤醫(yī)院分子腫瘤學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：科技部“973”項(xiàng)目(2015CB553904) 國家自然科學(xué)基金(81372159;81372158)
【分類號】：R737.33
【正文快照】： 淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移是宮頸癌的主要轉(zhuǎn)移途徑,淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移與宮頸癌預(yù)后關(guān)聯(lián)密切,淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移導(dǎo)致總宮頸癌患者生存率下降40%左右[1-3]。但目前對宮頸癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的分子機(jī)制仍不明確。以往的研究在樣本量和檢測統(tǒng)一性、檢測拓展性上大都有一定的不足,尤其是研究結(jié)果分散、難于統(tǒng)一和標(biāo)準(zhǔn)

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本文編號：1460442