本文關(guān)鍵詞：用于羊草基因分型的SNP分子標記技術(shù)研究

  更多相關(guān)文章： 羊草 轉(zhuǎn)錄組 SNP標記 HRM基因分型 指紋圖譜

【摘要】：以我國廣泛分布的多年生優(yōu)勢禾本科牧草羊草為研究材料,針對羊草目前尚無SNP標記技術(shù)的報道,基于實驗室已有的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),挖掘其中的SNP分子標記,建立一種利用高分辨率熔解曲線(high-resolution melting,HRM)進行羊草SNP基因分型的方法。結(jié)果表明,從羊草轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中獲得41843個SNPs,轉(zhuǎn)換的數(shù)量是顛換數(shù)量的2倍;建立了基于SNP的HRM基因分型方法,設(shè)計了112對SNP引物,其中有98對(87.5%)能擴增出明亮單一條帶,擴增條帶大小符合預(yù)期的有72對(64.29%),適宜進行HRM基因分型的引物有46對,占41.07%;用其中的7對引物可將羊草48份種質(zhì)區(qū)分開,并繪制出指紋圖譜。通過對部分HRM基因分型結(jié)果進行測序驗證,表明測序分析的基因型結(jié)果與HRM基因分型結(jié)果一致,證明HRM基因分型結(jié)果是可靠的。本研究首次建立的基于SNP的HRM基因分型方法,可用于羊草種質(zhì)資源的指紋圖譜繪制、育種親本的選配、基因關(guān)聯(lián)分析、分子標記輔助育種、功能分子標記開發(fā)、新品種的保護等育種工作。
【作者單位】： 中國科學(xué)院植物研究所北方資源植物重點實驗室;中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院草原研究所;全國畜牧總站;
【基金】：國家草品種區(qū)域試驗項目-羊草新品種“三性”測試(農(nóng)財發(fā)[2015]36號) 國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃(973計劃)項目(2014CB138704)資助
【分類號】：S543.9
【正文快照】： 單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)指在個體基因組上任何一個核苷酸的變異形成的DNA序列多態(tài)性[1]。與其他分子標記(如SSR)相比[2],SNP分子標記具有明顯的優(yōu)勢。SNPs數(shù)量多,分布廣泛,多態(tài)性豐富,密度高。在植物基因組內(nèi),平均每21bp就出現(xiàn)一個SNP。一般只

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本文編號：1205187