本文關鍵詞：烏珠穆沁綿羊RIPK2基因多態(tài)性與生長性狀的關聯(lián)

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【摘要】：【目的】基于前期綿羊肉用性狀GWAS研究結果,旨在探討RIPK2基因對烏珠穆沁綿羊生長性狀的影響,找到該基因中與綿羊生長性狀相關的分子標記,同時對GWAS結果進行驗證�！痉椒ā吭�343只烏珠穆沁綿羊試驗群體中,選取其中30個個體的血液DNA樣本,以相同濃度組成池DNA,設計引物對RIPK2基因外顯子及其上下游1 000bp的調控區(qū)進行PCR擴增,PCR產物檢測為目的條帶后測序。使用DNAMAN和Chromas2軟件對測序峰圖進行分析,采用飛行質譜方法對檢測到的SNP位點及前期GWAS得到的SNP位點進行基因型分型。使用Haploview軟件對多態(tài)位點構建單倍型及連鎖不平衡分析。使用SPSS(22.0)軟件進行RIPK2基因SNP位點與生長性狀間的關聯(lián)分析。【結果】共發(fā)現(xiàn)了4個多態(tài)位點,A5536G的同義突變rs01位于第四外顯子內,在該位點檢測到三種基因型,AA基因型頻率為0.42,AG基因型頻率為0.45,GG基因型頻率為0.13,優(yōu)勢等位基因為A,其頻率為0.65;在第七外顯子上檢測到T8952C錯義突變rs02,在該突變位點檢測到3種基因型,其中TT基因型頻率為0.82,TC基因型頻率為0.16,CC基因型頻率為0.02,T為優(yōu)勢等位基因,基因頻率為0.9;在第十外顯子檢測到T2836C的突變rs05,在該位點檢測到兩種基因型TT和CC,沒有檢測到雜合子基因型,TT基因型頻率為0.25,CC基因型頻率為0.75;上游調控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個G5181C的突變rs30,有3種基因型,其中GC基因型頻率為0.50,CC基因型頻率為0.18,GG基因型頻率為0.32,G為優(yōu)勢等位基因,其頻率為0.58;GWAS得到的SNP位點是T4456C,在本研究中被命名為rs34,在該位點有3種基因型,其中TT基因型頻率為0.49,TC基因型頻率為0.37,CC基因型頻率為0.14,優(yōu)勢等位基因T的頻率為0.68。χ~2適合性檢驗發(fā)現(xiàn),除rs34位點外,其余位點均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P0.05)。rs02位點處于低度多態(tài)(PIC0.25),其余位點處于中度多態(tài)(0.25PIC0.5)。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn),rs01和rs02位點強連鎖,在群體中共構建了3種單倍型,AT為優(yōu)勢單倍型,其頻率為0.645,這兩個位點共構建了6種基因型組合,其中AATT為優(yōu)勢基因型組合,頻率為0.425。單標記關聯(lián)分析表明:rs01位點的AA、AG基因型的個體和GG基因型個體在4月齡體重、胸圍上差異顯著(P0.05),在6月齡體高、胸圍上差異顯著(P0.05)。rs02位點CC基因型個體在4月齡體重、體高、胸圍和6月齡胸寬上顯著優(yōu)于TT、TC基因型個體(P0.05),在4月齡體斜長、6月齡體高和體斜長上極顯著優(yōu)于TT、TC基因型的個體(P0.01)。rs30位點上,GG基因型的個體在4月齡體重、胸圍與其他兩種基因型個差異顯著(P0.05),3個基因型的個體在6月齡胸圍上均有顯著差異(P0.05)。rs34位點的3個基因型的個體僅在4月齡體重上差異顯著(P0.05)。rs01-rs02組合基因型關聯(lián)分析發(fā)現(xiàn):GGCC基因型組合的個體在4月齡體重、體高、體斜長、胸圍上與其他基因型之間差異顯著(P0.05),GGCC基因型組合的個體在6月齡體高、體斜長、胸寬上與其他基因型組合的個體差異顯著(P0.05)�！窘Y論】RIPK2基因對綿羊生長性狀具有較顯著的影響,其SNPs作為分子標記對烏珠穆沁綿羊生長性狀的選育具有一定的指導意義。
【作者單位】： 中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所;
【基金】：國家“十二五”863項目(2011AA100307-02) 2015年農業(yè)部財政項目(2015-ncx-25)
【分類號】：S826
【正文快照】： Association of the RIPK2 Gene Genetic Variationwith Ujumqin Sheep Growth Traits 0引言【研究意義】以前期綿羊肉用性狀全基因組關聯(lián)分析結果為基礎,從分子水平上篩選RIPK2基因中與烏珠穆沁綿羊生長性狀顯著相關的分子標記,以豐富烏珠穆沁綿羊育種中可用的分子標記,為烏

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本文編號：1172338