本文關(guān)鍵詞：基于生物信息學(xué)的hsa-miR-32靶基因預(yù)測(cè)與功能分析

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【摘要】：目的利用生物信息學(xué)方法,預(yù)測(cè)hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,為深入研究其生物學(xué)功能提供指導(dǎo)和思路。方法利用miRBase數(shù)據(jù)庫獲取并分析不同物種的miR-32序列特征;從公共GEO(gene expression omnibus,GEO)數(shù)據(jù)庫中下載不同疾病相關(guān)的microRNA表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù),通過miRGator v3.0在線工具和Qlucore Omics Explorer 3.0軟件分析hsa-miR-32在不同疾病組織中表達(dá)情況;并用Pic Tar、DIANA-micro T-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法預(yù)測(cè)hsa-miR-32靶基因,對(duì)獲得的靶基因集合分別進(jìn)行功能富集分析(gene ontology analysis)和生物通路富集分析(pathway enrichment analysis)。結(jié)果 miR-32在不同物種間高度保守。與癌旁正常組織相比,hsamiR-32在子宮癌、結(jié)直腸癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多種癌組織中表達(dá)異常(均有P0.05)。包括已被證實(shí)的靶基因,共得到168個(gè)候選基因,這些靶基因主要參與調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞增殖、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞死亡等生物學(xué)過程(均有P0.05),涉及小細(xì)胞肺癌、前列腺癌、膠質(zhì)瘤、黑素瘤等疾病相關(guān)通路,以及p53等腫瘤相關(guān)信號(hào)通路和細(xì)胞周期等信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路(均有P0.05)。結(jié)論 hsa-miR-32功能廣泛,與癌癥的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)。
【作者單位】： 南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院基因工程研究所;解放軍第421醫(yī)院檢驗(yàn)輸血科;
【關(guān)鍵詞】： 癌 基因 計(jì)算生物學(xué) 預(yù)測(cè)
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(39880032) 廣東省領(lǐng)軍人才基金(C1030925)
【分類號(hào)】：R730.2
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本文編號(hào)：1129586