本文關鍵詞：雷蒙德氏棉和亞洲棉TCP基因家族的生物信息學分析

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【摘要】：TCP基因家族是植物中特有的一類轉錄因子家族,涉及了植物的多種生長途徑以及各種生理生化反應的信號傳導。為了更好地了解TCP基因家族在雷蒙德氏棉和亞洲棉基因組中的數量和分布情況等,通過生物信息學方法,在雷蒙德氏棉(D5)和亞洲棉(A2)全基因組中分別鑒定出37個TCP基因家族成員,并對TCP家族成員進行基因結構、染色體定位、保守域、進化關系等分析。結果表明,雷蒙德氏棉和亞洲棉全基因組分別編碼37個TCP轉錄因子成員。雷蒙德氏棉30個成員基因分布在10條染色體上,亞洲棉37個成員基因分布在13條染色體上;內含子/外顯子結構分析表明,TCP基因結構較為簡單,大部分不含內含子;功能結構域分析,發(fā)現(xiàn)所有TCP轉錄因子具有高度保守的TCP結構域;根據結構域差異和系統(tǒng)發(fā)育分析的結果,將TCP基因家族分成2個亞族,進一步劃分為PCF、CIN、CYC/TB1三個亞類。以上結果為進一步研究棉花TCP基因家族各成員的功能奠定一定的理論基礎。
【作者單位】： 中國農業(yè)科學院棉花研究所/棉花生物學國家重點實驗室;
【關鍵詞】： TCP基因家族 雷蒙德氏棉 亞洲棉 生物信息學
【基金】：中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務費專項(1610162015B13) 棉花生物學國家重點實驗室基金(CB2015C16)
【分類號】：S562
【正文快照】： TEOSINTE-LIKE1,CYCLOIDEA和PRO-LIFERATING CELL FACTOR1(TCP)基因家族是由最初發(fā)現(xiàn)的3個基因命名的,編碼植物體內特有的一類轉錄因子,廣泛存在于從藻類到高等植物的基因組中,在植物生長發(fā)育過程中起著十分重要的調節(jié)作用[1]。TCP蛋白均含有約59個氨基酸組成的保守序列,該保

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