第一部分TIM-3基因-1516、-574、4259單核苷酸多態(tài)性及連鎖不平衡分析 目的調查T細胞免疫球蛋白粘蛋白-3(T cells immunoglobulin mucin–3,TIM-3)基因-1516、-574、4259單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms , SNPs)的發(fā)生頻率及是否存在連鎖不平衡(linkage disequilibrium , LD)關系。 方法采用等位基因特異性聚合酶鏈反應(Allele-specific polymerase chain reaction ,AS-PCR)方法對湖北地區(qū)147名健康個體TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3個SNPs位點進行基因分型,應用軟件Arlequin V3.1對3個SNPs位點進行LD及Hardy-Weinberg平衡分析,并計算單體型頻率及單體型組成。 結果3個TIM-3基因SNP位點等位基因頻率分布符合Hardy-Weinberg平衡。湖北地區(qū)147名正常個體TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3個SNPs的次要等位基因發(fā)生頻率分別是8.5%、1.0%、2.0%。TIM-3基因3個SNPs主要組成4種單體型: G-G-G,G-G-T, T-G-T,G-T-T;其頻率分別為2.0%、88.4%、8.5%,1.0%。通過對這3個SNPs位點兩兩間進行LD分析,發(fā)現所有的連鎖不平衡系數D′( coefficient of linkage disequilibrium, D′)值都為1。 結論湖北地區(qū)人群TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3個SNPs位點呈完全連鎖不平衡。我們研究結果提供了中國湖北地區(qū)漢族人群TIM-3基因這3個SNPs的群體遺傳學資料,并且為尋找與免疫介導性疾病相關單體型奠定基礎。 第二部分湖北漢族人群TIM-3基因單體型與變應性哮喘的相關性 目的分析湖北漢族人群T細胞免疫球蛋白黏蛋白-3(TIM-3)啟動子區(qū)-1516G/T和外顯子3區(qū)4259G/T單核苷酸多態(tài)性(SNPs)及其連鎖不平衡(LD)關系,探討其構成的單體型與支氣管哮喘(簡稱哮喘)易感性之間的關系。 方法采用等位基因特異性聚合酶鏈反應(AS-PCR)檢測我們于2004年6月～2007年10月收集的湖北漢族人群中175例哮喘患者(哮喘組)和202名健康者(健康對照組)TIM-3 -1516 G/T和4259 G/T的單核苷酸多態(tài)性,計算基因型和等位基因頻率,兩位點間的連鎖不平衡系數(D′)值及單體型頻率。 結果TIM-3基因-1516G/T基因型GG、GT和TT在202名健康對照組中分布頻率分別為82.7%(167/202)、17.3%(35/202)、0(0/202),在哮喘組中分布頻率分別為82.9%(145/175)、17.1%(30/175)、0(0/175);TIM-3基因4259G/T基因型GG、GT和TT在202名健康對照組中分布頻率分別為0.5%(1/202)、2.5%(5/202)、97.0%(196/202),在哮喘組中分布頻率分別為0.6%(1/175)、5.7%(10/175)、93.7%(164/175)。對照組D′值為1.0,哮喘組D′值為0.9。湖北漢族人群存在3種單體型(G-G、G-T、T-T),這3種單體型頻率在健康對照組分別為1.7%(7/404)、89.6%(362/404)、8.7%(35/404),在哮喘組分別為3.4%(12/350)、88.0%(308/350)、8.6%(30/350);G-G、G-T、T-T這3種單體型與哮喘易感性無相關(χ2分別為2.15、0.47、0.003,P均0.05)。 結論TIM-3基因-1516G/T與4259G/T之間存在緊密連鎖不平衡關系,G-G、G-T、T-T與哮喘易感性無相關。但不排除是否與其他種族人群中哮喘易感性相關或與其他過敏性疾病和自身免疫性疾病的易感性相關。 第三部分長距離等位特異性PCR法直接分析TIM-3基因-574、4529兩位點分子單體型 目的建立一種新的分子單體型分析方法,用來直接分析相隔數kb的兩個或者多個單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms ,SNPs)構成的單體型。 方法采用長距離等位基因特異性聚合酶鏈反應(long-range allele-specific polymerase chain reaction, LRAS-PCR)對中國湖北地區(qū)130名健康個體T細胞免疫球蛋白粘蛋白-3 (T cells immunoglobulin mucin–3,TIM-3)基因-574T/G、4259G/T兩個SNPs進行單體型分析。 結果成功分析TIM-3基因單體型,TIM-3基因單體型主要由T-T、G-T、G-G 3種構成,未見T-G單體型。 結論成功建立一種新的基于長距離等位基因特異性PCR的分子單體型分析的方法,并準確對TIM-3基因進行單體型分析。
【學位單位】：華中科技大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2008
【中圖分類】：R562.25
【部分圖文】：

TIM-3基因-1516G/TAS-PCR結果

TIM-3基因4259G/TAS-PCR結果

華 中 科 技 大 學 碩 士 學 位 論 文圖 1 TIM-3 基因 –574T/G AS-PCR 結果1,2: TG 基因型； 3,4：GG 基因型; M:DNA 標準物圖 2 TIM-3 基因 -1516G/T AS-PCR 結果1,2: GT 基因型； 3,4：GG 基因型;M:DNA 標準物圖 3 TIM-3 基因 4259G/T AS-PCR 結果1,2: GG 基因型；3,4：GT 基因型；5,6: TT基因型；M：DNA 標準物
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本文編號：2876648