蛋白質是機體生命活動的主要物質承擔者,在生物體中具有營養(yǎng)存儲、收縮運動、防御、識別、催化、運輸和調節(jié)等功能。近年來對蛋白質的研究日益成熟并獲得了一些很有意義的成果,但由于常規(guī)的實驗方法對蛋白質樣品本身的性質有嚴格的要求,尤其無法真實反映蛋白質在活體內的演變過程。隨著計算機技術和大規(guī)模超大規(guī)模并行運算的發(fā)展,越來越多的科學家開始利用計算機模擬的手段來研究蛋白質體系。計算機模擬成為繼實驗和理論后科學研究的第三種方法并獲得了廣泛應用。本文首先概述了本課題的背景以及研究現狀,然后對動力學模擬的理論基礎、模擬方法、模擬軟件、模擬步驟以及常見的模擬結果表征方法作一介紹。最后,采用分子動力學模擬的方法,對蛋白質體系進行研究。主要研究內容包括:（1）通過施加不同強度和不同方向的靜電場,模擬研究蛋白質在電場影響下的動力學行為。結果表明蛋白質的均方根偏差和回轉半徑值都在電場強度足夠大時發(fā)生躍變,然后穩(wěn)定在某一數值,且結構轉變需要的時間即特征時間隨電場強度的增加而減少;蛋白質沿電場方向的電偶極矩隨電場強度的增加而增加,垂直電場強度方向的電偶極矩減小,表明內部蛋白質帶電氨基酸的分布存在明顯的取向;蛋白質分子內... 

【文章來源】：中國計量大學浙江省

【文章頁數】：57 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

蛋白質的結構層次

中國計量大學碩士學位論文據庫每年可增加億個堿基序列，數據庫更是以每 14 個月翻一番的是通過 XRD 技術和 NMR 技術得到的蛋白質三維結構數據庫依然止 2018 年，蛋白質數據庫[8]Protein Data Bank （PDB）積累的蛋 13 萬，如圖 1.2 所示，這使得蛋白質三級結構的預測成為蛋白質題。

中國計量大學碩士學位論文適用范圍。力場函數和參數的選取及優(yōu)化主要和量子力學計算結果進行擬合。目前模擬工作類，第一類包括 AMBER，CHARMM，OPLS力場，這些精度能達到要求但是計算效率低F，COMPASS 等，這些力場使用高階項或交叉。在本課題的研究中我們選取了 CHARMM 力

【參考文獻】：
期刊論文
[1]二次通用旋轉設計優(yōu)化電場處理高粱種子萌發(fā)條件[J]. 張作偉,杜慧玲.  山西農業(yè)科學. 2018(01)
[2]專題:軟物質研究進展[J]. 歐陽鐘燦,劉向陽.  物理學報. 2016(17)
[3]不同處理方式對鷹嘴豆分離蛋白乳化性質的影響[J]. 顧楠,張子沛,吳錦波,趙國華.  食品工業(yè)科技. 2011(12)
[4]蛋白質提純的研究進展[J]. 蔣梅,楊仕標,王秀瓊,趙俊,張念祖.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2008(03)
[5]電場處理小麥種子對幼苗生長抗鹽性的影響[J]. 呂劍剛,楊體強,蘇恩光,鄧一兵,那日.  內蒙古大學學報(自然科學版). 2001(06)



本文編號：3358226