本文關(guān)鍵詞：分子動(dòng)力學(xué)模擬別構(gòu)抑制劑Efavirenz對(duì)HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶的作用

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【摘要】：為了理解非核苷類逆轉(zhuǎn)錄酶抑制劑(NNRTIs)與HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)的相互作用機(jī)制,利用新力場ff12SB對(duì)未結(jié)合和結(jié)合Efavirenz(EFV)逆轉(zhuǎn)錄酶的三種RT大分子體系分別進(jìn)行了100 ns的長時(shí)間動(dòng)力學(xué)模擬。通過分析EFV對(duì)RT結(jié)構(gòu)的影響、不同殘基柔性和不同體系構(gòu)象的動(dòng)力學(xué)行為等,發(fā)現(xiàn)EFV的結(jié)合會(huì)導(dǎo)致RT結(jié)構(gòu)變化,從而影響RT的活性;證實(shí)了EFV的"分子楔"作用;還發(fā)現(xiàn)EFV的結(jié)合不但引起"拇指關(guān)節(jié)炎",而且引起輕度"手指關(guān)節(jié)炎";整個(gè)模擬過程中沒有出現(xiàn)不同構(gòu)象間的躍遷,但是無別構(gòu)分子時(shí)的RT張開構(gòu)象表現(xiàn)出明顯的閉合傾向。這些結(jié)果有助于理解NNRTIs的抑制機(jī)制和RT構(gòu)象變化的動(dòng)力學(xué)性質(zhì)。另外,還比較分析了模擬方法對(duì)計(jì)算結(jié)果的影響,對(duì)大分子體系的動(dòng)力學(xué)模擬具有重要借鑒意義。
【作者單位】： 山東師范大學(xué)物理與電子科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(11274206)資助項(xiàng)目~~
【分類號(hào)】：O641.3
【正文快照】： 1引言逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)在I型人體免疫缺陷病毒(HIV-1)復(fù)制過程中,可以催化病毒RNA基因組使之逆轉(zhuǎn)錄為雙鏈DNA病毒前體,因此是發(fā)明抗艾滋病(anti-AIDS)新藥的一個(gè)重要靶酶1。目前,以RT為靶治療艾滋病的藥物中,非核苷類RT抑制劑(NNRTIs)被認(rèn)為是一類具有前景的特效藥2-4。NNRTIs也稱

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