本文關(guān)鍵詞： 中國(guó)蛤蜊 鎘 microRNA 差異表達(dá) 功能基因　出處：《海洋學(xué)報(bào)》2016年12期 　論文類(lèi)型：期刊論文

【摘要】：中國(guó)蛤蜊(Mactra chinensis)是一種重要的經(jīng)濟(jì)貝類(lèi),分布于我國(guó)的遼寧和山東。近年來(lái),生境惡化和過(guò)度捕撈導(dǎo)致我國(guó)蛤蜊資源量減少。我們利用Illumina Hiseq-2500平臺(tái)對(duì)中國(guó)蛤蜊鰓的microRNA轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序,運(yùn)用差異表達(dá)尋找對(duì)鎘刺激有響應(yīng)的功能microRNA。結(jié)果顯示對(duì)照組獲得了14 415 256條clean reads,實(shí)驗(yàn)組獲得了15 570 111條clean reads。在這些reads中一共存在14 584 077小RNA,包括1 898 035條unique小RNA,其中對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組共有187 859條unique小RNA。兩個(gè)組的小RNA文庫(kù)的片段長(zhǎng)度分布是相似的,大部分小RNA長(zhǎng)度分布在26~27nt。在對(duì)照組文庫(kù)中最豐富的片段長(zhǎng)度是27nt,其次是28nt、26nt和23nt。在實(shí)驗(yàn)組文庫(kù)中,數(shù)量最豐富的片段長(zhǎng)度是26nt,其次是27nt、28nt和23nt。經(jīng)過(guò)對(duì)序列前體以及結(jié)構(gòu)特征的分析,發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)組中一共有50個(gè)microRNA,其中已知的是38個(gè),新發(fā)現(xiàn)的是12個(gè)。對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組microRNA含量最豐富的片段長(zhǎng)度是23nt。通過(guò)差異表達(dá)分析,5個(gè)microRNA基因具有顯著性差異且從對(duì)照組到實(shí)驗(yàn)組的表達(dá)量是上調(diào)的,其余45個(gè)沒(méi)有顯著性的差異。把這50個(gè)序列與中國(guó)蛤蜊轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比對(duì),一共找到了542個(gè)靶基因。5個(gè)具有表達(dá)差異的基因一共比對(duì)到11個(gè)靶基因。把這11個(gè)靶基因與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),4個(gè)靶基因在COG中得到注釋,1個(gè)靶基因在GO中得到注釋,6個(gè)靶基因在KEGG中得到注釋,11個(gè)靶基因在nr數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋,注釋到的基因有泛素蛋白連接酶E3,Wnt信號(hào)通路,G蛋白信號(hào)調(diào)控等。
[Abstract]:Mactra chinensis) is a kind of important economic shellfish, distributed in Liaoning and Shandong provinces of China in recent years. Habitat deterioration and overfishing resulted in the reduction of clam resources in China. We sequenced the microRNA transcriptome in the Gill of Chinese clam using Illumina Hiseq-2500 platform. The results showed that the control group obtained 14,415,256 clean readsand the experimental group obtained 15,570,111 clean reads.There were 14 584,077 small RNAs in these reads, including 1 898,035 unique small RNAs. There were 187,859 unique small RNAs in the control group and the experimental group. The fragment length distribution of the small RNA library in the two groups was similar. The most abundant fragment length in the control library was 27nt, followed by 28ntnt 26nt and 23nt. in the experimental group, the most abundant fragment length was 26nt, and the second was 27ntNt 28nt and 23nt.The sequence precursors and structural characteristics were analyzed. We found that there were 50 microRNAs in these two groups, 38 of which were known. The most abundant fragment length of microRNA in control group and experimental group was 23nt.The expression of 5 microRNA genes was significantly different and up-regulated from control group to experimental group by differential expression analysis. There was no significant difference in the remaining 45 sequences. The 50 sequences were compared with the Chinese clam transcriptome. A total of 542 target genes were found. Five differentially expressed genes were compared to 11 target genes. Comparing these 11 target genes with NCBI database, 4 target genes were annotated in COG and 1 target gene was annotated in go. , 6 target genes were annotated in KEGG, 11 target genes were annotated in nr database, The explained genes include Ubiquitin protein ligase E3 Wnt signaling pathway, G protein signal regulation and so on.
【作者單位】： 國(guó)家海洋環(huán)境監(jiān)測(cè)中心海洋生態(tài)室;大連海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31572595) 國(guó)家海洋局近岸海域生態(tài)環(huán)境重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開(kāi)放基金(201511)
【分類(lèi)號(hào)】：X171.5;S917.4

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